거래처 변경으로 인한 전환지원금은 재화나 용역의 공급에 대한 대가가 아니라, 계약 해지·변경이나 거래처 전환 등에 따라 지급되는 위약금·손해배상금·지원금 성격이 강하므로 부가가치세 과세대상 거래로 보기 어렵습니다. 따라서 세금계산서 발급대상이 아니며, 세금계산서를 발급하더라도 적법한 세금계산서로 인정되기 어렵습니다.
세금계산서를 발급할 수 없는 경우에는 세금계산서로 증빙을 대신할 수 없고, 대신 실제 지급 사실을 확인할 수 있는 서류로 수취·보관해야 합니다. 계약서나 별도 서류가 없다면 계좌이체 내역, 지급 통지서, 내부 결재 문서, 문자·이메일 등 거래사실을 객관적으로 입증할 수 있는 자료를 확보하는 것이 중요합니다.
출처불분명 수취 문제는 세금계산서 발급 가능 여부와는 별개로, 사업과 관련해 지출한 금액을 증빙 없이 처리하거나 실제 거래 없이 세금계산서만 주고받는 경우에 문제 될 수 있습니다. 전환지원금 자체가 과세대상 거래가 아니라면 세금계산서를 발급·수취하는 방식으로는 증빙 문제를 해결하기 어렵고, 오히려 사실과 다른 세금계산서로 볼 여지가 있습니다.
정리하면, 전환지원금은 원칙적으로 세금계산서 발급대상이 아니고, 세금계산서 발행으로 증빙을 대신할 수 없으며, 계약서 등 서류가 없더라도 실제 지급사실을 입증할 수 있는 자료로 관리해야 합니다. 다만 지원금의 성격, 지급 원인, 사업자 간 거래인지 여부, 실제 재화·용역 공급과 관련되는지에 따라 판단이 달라질 수 있으므로 구체적인 지급 경위와 서류를 확인해 보시는 것이 좋습니다.
참고로 2026년 이후 최신 개정 사항이나 개별 사안의 사실관계에 따라 판단이 달라질 수 있으니, 실제 지급 내역과 관련 자료를 바탕으로 별도로 확인해 보시는 것을 권장드립니다.