사업자단위과세 사업자가 하나의 세금계산서가 여러 종사업장에 공통으로 귀속될 때, 과세사업에 실지귀속된다면 임의로 매입세액을 안분하는 것이 부적절하다는 주장에 대한 근거 법령은 무엇인가요?

해당 주장의 근거는 실지귀속 우선 원칙과 공통매입세액 안분계산의 적용 요건입니다. 부가가치세법은 과세사업과 면세사업등을 겸영하는 경우에도 매입세액을 먼저 실지귀속에 따라 구분하고, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(공통매입세액)만 공통매입세액 안분기준을 적용하도록 정하고 있습니다. 따라서 과세사업에만 실지귀속되는 매입세액은 공통매입세액 안분 대상이 아니며, 종사업장별 사용 비율을 이유로 임의로 나누어 반영하는 방식은 원칙적으로 적절하지 않습니다.

근거 요지

• 실지귀속 우선 원칙: 발생한 매입세액은 건별·금액별로 과세사업에 실지귀속되면 매출세액에서 전액 공제하고, 면세사업등에 실지귀속되면 전액 불공제합니다. 실지귀속이 불분명한 경우에만 안분계산 대상이 됩니다.
• 공통매입세액 안분계산의 요건: 공통매입세액 안분계산 규정은 ① 과세사업과 면세사업등을 겸영하는 사업자, ② 과세사업과 면세사업등에 공통으로 사용되거나 사용될 것, ③ 실지귀속이 불분명한 매입세액, ④ 불공제대상 매입세액이 아닐 것이라는 요건을 모두 충족하는 경우에 적용됩니다.
• 안분계산 방법: 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 공통매입세액 안분기준을 적용하여 계산하며, 그 계산식은 면세사업등에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 × (면세공급가액 ÷ 총공급가액)입니다.

실무 판단 포인트

• 해당 매입세액이 과세사업에만 실지귀속되는지, 아니면 과세·면세사업등에 공통으로 사용되어 실지귀속이 불분명한지 먼저 구분해야 합니다.
• 과세사업에만 실지귀속되는 매입세액이라면 공통매입세액 안분 대상이 아니므로, 종사업장별 사용 비율을 이유로 사업장별 세액명세서에 임의로 나누어 반영하는 방식은 원칙적으로 적절하지 않습니다.
• 과세·면세 겸용으로 사용되어 실지귀속이 불분명하다면 공통매입세액 안분기준을 적용할 수 있고, 이 경우 총공급가액 비율 등 안분기준에 따라 계산합니다.

최신 개정 사항을 별도로 확인해 보시는 것을 권장드립니다.