지구단위계획구역에서 건축허가 등이 제한되어 나대지로 남아 있더라도, 과세기준일 현재 실제 이용 현황이 나대지 상태라면 토지분 재산세는 종합합산과세대상으로 보는 것이 원칙입니다.
종합부동산세도 토지분 재산세의 과세대상 구분을 그대로 따르므로, 해당 토지가 종합합산과세대상이면 종합부동산세에서도 종합합산과세대상 토지가 됩니다. 다만, 건축허가 제한 등으로 사실상 사용이 금지·제한된 기간은 비사업용 토지 판정에서 제외될 수 있어, 양도소득세 측면에서는 그 기간을 사업용 기간으로 볼 여지가 있습니다.
따라서 질문하신 상황은 재산세·종합부동산세 측면에서는 종합합산과세대상일 가능성이 높고, 양도소득세 비사업용 토지 판정에서는 건축허가 제한 기간이 제외 기간으로 반영될 수 있다는 점이 함께 고려되어야 합니다. 실제 적용 여부는 과세기준일 현재 토지의 실제 이용 현황, 건축허가 제한의 내용과 기간, 관련 증빙에 따라 달라질 수 있습니다.