중소기업 법인 직원은 주택자금 복지 혜택을 받을 수 있는데, 대표이사도 동일하게 주택자금 혜택을 받을 수 있나요?

중소기업 법인의 대표이사는 원칙적으로 주택자금 대여에 따른 비과세 복리후생적 급여나 법인세상 인정이자 제외 대상에서 제외될 가능성이 큽니다. 다만 ‘대표이사가 직원인지 여부’와 ‘지배주주등에 해당하는지’에 따라 판단이 달라지므로, 단순히 직함만으로 단정하기보다는 실제 지분·지위 관계를 함께 봐야 합니다.

1. 비과세 복리후생적 급여(주택자금 대여이익) 측면

   • 중소기업이 종업원에게 주택 구입·임차 자금을 저리 또는 무상으로 대여해 얻는 이익은 일정 범위에서 비과세되는 복리후생적 급여로 볼 수 있습니다.
   • 다만 2024.2.29. 이후 발생 소득분부터, 법인인 중소기업의 경우 해당 법인의 지배주주등에 해당하는 종업원은 비과세 대상에서 제외됩니다.
   • 여기서 ‘지배주주등’은 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 1 이상 주식·출자지분을 소유한 주주등으로서, 특수관계에 있는 자와 합한 소유 주식·출자지분 합계가 해당 법인의 주주등 중 가장 많은 경우의 그 주주등을 말합니다.

2. 법인세상 인정이자 계산 제외 대상 측면

   • 법인이 특수관계인에게 업무와 관련 없이 자금을 대여하면 원칙적으로 인정이자 계산 대상이 될 수 있습니다.
   • 다만 「조세특례제한법 시행령」 제2조에 따른 중소기업에 근무하는 직원(지배주주등인 직원은 제외)에 대한 주택구입 또는 전세자금의 대여액은 인정이자 계산 대상에서 제외되는 가지급금으로 규정되어 있습니다.
   • 즉, ‘중소기업에 근무하는 직원’이더라도 지배주주등인 직원은 제외됩니다.

3. 대표이사는 왜 문제되는가

   • 대표이사는 보통 법인의 경영을 사실상 지배하는 지위에 있고, 지분 요건(1% 이상 소유 + 특수관계 지분 합계 최대)을 충족하면 지배주주등에 해당할 가능성이 높습니다.
   • 이 경우 주택자금 대여이익이 비과세 복리후생적 급여에서 제외될 수 있고, 법인세 측면에서도 인정이자 제외 대상 ‘직원’에서 빠질 수 있습니다.
   • 반대로 대표이사가 지분·지위 요건상 지배주주등에 해당하지 않고, 실제 근로를 제공하는 근로자 지위에 있다면 직원으로서 혜택 적용 가능성이 생길 수 있습니다.

4. 실무에서 함께 확인할 점

   • 대표이사가 지배주주등에 해당하는지(지분율, 특수관계 지분 합계)
   • 대여 목적이 실제 주택 구입·임차 자금인지
   • 대여 이자율이 저리인지, 시가(적정 이자율)와의 차이가 있는지
   • 대여 금액이 업무무관 가지급금이나 인정이자 계산에서 제외되는 범위에 들어가는지

즉, 중소기업 법인 직원에게는 주택자금 복지 혜택이 적용될 수 있지만, 대표이사는 지배주주등 해당 여부에 따라 그 혜택에서 제외될 수 있습니다. 대표님의 지분 구조와 실제 근무·급여 형태를 함께 검토해 보시는 것이 좋습니다.

최신 개정 사항을 별도로 확인해 보시는 것을 권장드립니다.