매입 거래처에서 8월 마감 세금계산서를 잘못 발행하여 마감일 이후 두 번 발행된 경우, 수정발행을 요청하면 가산세가 발생하나요?

수정세금계산서를 부가가치세법 시행령 제70조에서 정한 사유와 방법에 따라 적법하게 발급하면, 그 수정세금계산서 자체로는 세금계산서 가산세가 발생하지 않습니다. 다만 당초 잘못 발급한 세금계산서와 수정세금계산서의 발급 시점·사유에 따라 지연발급·미발급·기재불성실 가산세가 달라질 수 있고, 신고·납부 불성실 가산세는 별도로 판단해야 합니다.

• 수정세금계산서 자체는 가산세 대상이 아닙니다. 시행령 제70조에 따른 사유(착오 정정, 계약 해제, 환입, 공급가액 증감 등)와 방법에 맞게 발급하면 수정세금계산서 발급만으로 가산세가 붙지 않습니다.
• 단, ‘경정이 있을 것을 미리 안 경우’에는 수정세금계산서를 발급할 수 없습니다. 세무조사 통지, 세무공무원의 현지출장·확인업무 착수, 과세자료 해명안내 통지, 그 밖에 유사한 경우가 이에 해당합니다.
• 착오 정정은 2장 발급 방식이 원칙입니다. 처음 발급한 세금계산서 내용대로 음(-) 표시를 한 세금계산서와, 올바르게 수정한 세금계산서를 함께 발급하고, 작성연월일은 처음 세금계산서 작성일로 소급해 적습니다.
• 두 번 발급된 경우는 착오로 이중 발급한 경우에 해당할 수 있습니다. 이때는 처음 발급한 세금계산서 내용대로 음(-) 표시만 하여 1장 발급하는 방식으로 정리할 수 있습니다.
• 가산세는 ‘언제, 어떤 상태로 발급됐는지’에 따라 달라집니다. 발급시기가 지난 후 해당 공급시기가 속하는 과세기간 확정신고기한까지 발급하면 공급가액의 1% 지연발급 가산세가 적용될 수 있고, 확정신고기한까지 발급하지 않으면 공급가액의 2% 미발급 가산세가 적용될 수 있습니다. 필요적 기재사항이 착오·과실로 잘못 적힌 경우에는 공급가액의 1% 기재불성실 가산세가 적용될 수 있으나, 나머지 기재사항으로 거래사실이 확인되면 사실과 다른 세금계산서로 보지 않을 수 있습니다.
• 공급받는 자 정정도 일정 요건에서는 지연발급·지연수취 가산세를 적용하지 않을 수 있습니다. 세금계산서 발급 후 공급받는 자가 잘못 적힌 경우 공급시기가 속하는 과세기간 확정신고기한까지 수정세금계산서를 발급하면 지연발급·지연수취 가산세를 적용하지 않는다는 해석이 있습니다.

정리하면, 수정발행 요청 자체만으로 무조건 가산세가 나오는 것은 아니지만, 당초 세금계산서가 이미 지연발급·미발급 상태였는지, 수정세금계산서를 적법한 사유와 기한 안에 발급했는지에 따라 가산세 여부가 달라집니다. 특히 경정이 있을 것을 미리 안 것으로 볼 수 있는 상황이라면 수정세금계산서 발급 자체가 제한될 수 있으니, 공급일과 발급일, 잘못 기재된 내용, 이중발급 경위를 먼저 확인해 보시는 것이 좋습니다.

최신 개정 사항을 별도로 확인해 보시는 것을 권장드립니다.