임원 변경 등기와 관련된 보수료(수수료)에 대해 매입세금계산서가 발행되었다면, 그 세금계산서가 자기의 과세사업을 위하여 사용되었거나 사용될 목적의 매입세액에 해당하는지가 매입세액 공제 여부를 좌우합니다.
부가가치세법 제38조제1항제1호에 따르면, 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액은 매출세액에서 공제하는 매입세액에 해당합니다. 다만 같은 법 제39조제1항은 사업과 직접 관련이 없는 지출, 면세사업 관련 매입세액, 토지 관련 매입세액, 개별소비세 과세대상 자동차 관련 매입세액, 기업업무추진비 관련 매입세액, 사업자등록 전 매입세액 등 공제하지 아니하는 매입세액을 정하고 있습니다.
임원 변경 보수료의 경우, 그 지출이 실제 과세사업과 관련된 것인지, 아니면 사업과 직접 관련이 없는 지출이나 접대비 성격의 비용으로 볼 수 있는지가 쟁점이 될 수 있습니다. 예를 들어 임원 변경 등기 수수료처럼 사업 운영에 수반되는 비용이라면 과세사업 관련 매입세액으로 볼 여지가 있지만, 구체적인 사용 목적과 거래의 실질에 따라 판단이 달라질 수 있습니다.
또한 매입세액 공제를 받으려면 세금계산서의 필요적 기재사항(공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭, 공급받는 자의 등록번호, 공급가액과 부가가치세액, 작성 연월일)이 제대로 적혀 있어야 하고, 매입처별 세금계산서합계표 제출 등 관련 절차도 갖추어야 합니다. 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적혔거나 누락된 경우에는 원칙적으로 공제되지 않지만, 시행령에서 정하는 일정한 예외 사유에 해당하면 공제가 가능할 수 있습니다.
따라서 해당 보수료가 실제로 어떤 사업을 위해 지출되었는지, 세금계산서가 적법하게 발급되었는지, 공제 배제 사유에 해당하지 않는지를 먼저 확인하시는 것이 필요합니다. 거래의 실질과 사업 관련성에 따라 판단이 달라질 수 있으므로, 구체적인 지출 경위와 사업 내용을 기준으로 검토해 보시는 것을 권장드립니다.