8월 1일 작성일자로 9월 7일에 역발행된 세금계산서의 금액이 달라 9월 10일까지 발행하지 못했는데, 9월 28일에 수정세금계산서를 발행하면 가산세가 부과되나요?

결론부터 말씀드리면, 9월 28일에 수정세금계산서를 발급하는 것만으로는 가산세가 붙지 않을 가능성이 높지만, 원래 세금계산서의 발급 지연에 따른 가산세는 별도로 남을 수 있습니다.

1. 수정세금계산서 자체는 가산세 대상이 아닙니다.

   • 부가가치세법 시행령 제70조에 따라 재화의 환입, 계약 해제·해지, 필요적 기재사항의 착오 등 정해진 사유로 적법하게 수정세금계산서를 발급하면 그 수정세금계산서 때문에 가산세가 발생하지 않습니다.
   • 다만, 세무조사 통지·세무공무원 현지출장·과세자료 해명안내 통지 등 경정이 있을 것을 미리 알고 있는 경우에는 수정세금계산서를 발급할 수 없습니다.

2. 원래 세금계산서의 발급 지연 가산세는 별개 문제입니다.

   • 세금계산서는 재화·용역의 공급시기에 발급하는 것이 원칙이고, 발급시기가 지난 뒤 해당 공급시기가 속하는 과세기간의 확정신고기한까지 발급하면 공급가액의 1% 지연발급 가산세가, 그 기한까지도 발급하지 않으면 2% 미발급 가산세가 붙습니다.
   • 질문 내용상 8월 1일 작성일자로 9월 7일에 역발행이 왔고, 9월 10일까지 원래 발행해야 했으나 금액이 달라서 발행하지 못한 상황이라면, 원래 세금계산서의 발급 지연·미발급에 대한 가산세가 이미 문제 될 수 있습니다.

3. 9월 28일 수정세금계산서 발급의 의미는 이렇습니다.

   • 금액이 달라서 원래 세금계산서를 제때 발급하지 못한 것이 ‘필요적 기재사항이 착오로 잘못 적힌 경우’ 등에 해당한다면, 그 사유를 인식한 날에 음(-)의 수정세금계산서와 정확한 세금계산서를 발급하는 방식으로 처리할 수 있습니다.
   • 이때 수정세금계산서 발급 자체는 가산세 대상이 아니지만, 원래 세금계산서를 공급시기·확정신고기한 내에 제대로 발급하지 못한 부분에 대해서는 지연발급(1%) 또는 미발급(2%) 가산세가 적용될 수 있습니다.

4. 실무적으로 확인할 포인트

   • 8월 1일 작성일자로 발급되어야 했던 원래 세금계산서의 실제 공급시기가 언제인지
   • 그 공급시기가 속하는 과세기간의 확정신고기한까지 원래 세금계산서를 발급했는지, 아니면 아예 발급하지 못했는지
   • 금액이 달라진 사유가 시행령 제70조에서 정한 수정 사유(착오, 계약 해제·해지, 환입 등)에 해당하는지
   • 세무조사 통지나 과세자료 해명안내 등 경정을 미리 알게 된 상황에 해당하는지

위 조건에 따라 수정세금계산서 발급 자체는 가산세 없이 가능할 수 있지만, 원래 세금계산서의 발급 지연에 따른 가산세는 남을 수 있으므로, 공급시기와 확정신고기한, 수정 사유를 기준으로 별도로 판단해야 합니다.