회사가 공시회사에 합병될 경우 부가가치세와 원천세는 어떻게 신고해야 하나요?

합병이 이루어지면 소멸회사(피합병법인)의 부가가치세와 원천세 신고·납부 의무는 합병 후 존속하는 법인 또는 합병으로 설립된 법인이 승계합니다. 다만 신고 방식과 관할은 세목별로 다르므로, 소멸회사의 마지막 신고와 합병 후 승계 신고를 구분해서 처리해야 합니다.

부가가치세 신고

• 소멸회사의 마지막 과세기간에 대한 부가가치세 확정신고는 합병 후 존속법인(또는 신설법인)이 소멸회사를 납세의무자로 하여 소멸회사의 사업장 관할 세무서장에게 신고해야 합니다.
• 법인이 합병할 때에는 합병 후 존속법인 또는 신설법인이 법인합병신고서에 사업자등록증을 첨부하여 소멸법인의 폐업 사실을 소멸법인 관할 세무서장에게 신고해야 합니다.
• 합병으로 소멸법인의 영업을 승계한 경우에는 개별소비세법 적용상 폐업으로 보지 않는 경우가 있으며, 해당 영업의 승계 사실을 관할 세무서장에게 신고해야 합니다.

원천세 신고

• 법인이 합병한 경우 합병 후 존속법인이나 신설법인은, 소멸법인이 원천징수해야 할 소득세를 납부하지 않으면 그 소득세에 대한 납세의무를 집니다.
• 피합병법인의 임직원이 합병법인에 계속 근무하고 현실적 퇴직이 없는 경우에는 해당 임직원에 대한 연말정산은 합병법인이 합니다.

실무에서 확인할 점

• 소멸회사의 마지막 신고기한과 합병등기일이 속하는 사업연도 구분을 확인해야 합니다.
• 소멸회사와 합병법인의 사업장(납세지)이 다르면 부과·고지 관할이 달라질 수 있으므로, 소멸회사 관할 세무서 기준으로 신고·고지 관계를 정리해야 합니다.
• 합병이 적격합병 등 법인세 과세특례 대상인지 여부에 따라 자산·부채 승계와 세무조정 승계 범위가 달라지므로, 법인세 신고와 함께 검토해야 합니다.

합병 시점, 소멸회사의 세목별 미신고·체납 여부, 사업장 소재지, 임직원 승계 여부에 따라 처리 방식이 달라질 수 있으니, 실제 합병 일정과 신고기한을 기준으로 관할 세무서 또는 세무전문가와 확인하는 것이 좋습니다.