법인 내부문서의 보관기간은 어떻게 되며, 계산서 발행을 요청하는 내부문건도 5년 동안 보관해야 하나요?

법인 내부문서의 보관기간은 문서의 성격에 따라 달라집니다. 모든 거래에 관한 장부 및 증거서류는 해당 국세의 법정신고기한이 지난 날부터 5년간(역외거래는 7년간) 보존해야 합니다. 다만, 계산서 발행을 요청하는 내부문건이 곧바로 이 5년 보관 대상이 되는지는 그 문서가 ‘거래사실을 증명하는 증거서류’에 해당하는지에 따라 판단해야 합니다.

장부·증거서류의 5년 보존 기준

• 법인은 각 세법에서 정하는 바에 따라 모든 거래에 관한 장부 및 증거서류를 성실하게 작성·갖춰 두어야 합니다.
• 그 장부 및 증거서류는 거래사실이 속하는 과세기간의 법정신고기한이 지난 날부터 5년간 보존하는 것이 원칙이고, 역외거래는 7년간 보존합니다.
• 전산조직으로 작성한 장부·증거서류도 정해진 기준에 따라 정보보존 장치에 보존하면 보존의무를 이행한 것으로 봅니다.
• 전자화문서로 변환해 공인전자문서센터에 보관한 경우에도 장부 및 증거서류를 갖춘 것으로 보되, 계약서 등 위조·변조가 쉬운 일부 서류는 예외입니다.

계산서 발행 요청 내부문건의 성격 구분

• 계산서 발급 의무 자체는 법인이 재화 또는 용역을 공급할 때 계산서(또는 영수증)를 작성해 공급받는 자에게 교부해야 하는 의무입니다. 즉, ‘발행 요청 내부문건’이 아니라 실제 공급거래와 계산서 발급·수취가 핵심입니다.
• 내부적으로 계산서를 발행해 달라고 요청하거나 정리한 문건이더라도, 그것이 특정 거래의 존재와 내용을 입증하는 증거서류로 볼 수 있으면 5년 보존 대상인 증거서류에 포함될 수 있습니다.
• 반대로 단순한 업무연락, 결재요청, 내부 참고문서처럼 거래사실을 직접 증명하는 서류가 아니라면, 법인세법상 지출증명서류 보관 규정의 5년 보존 대상으로 단정하기는 어렵습니다.

실무에서 함께 확인할 점

• 해당 내부문건이 어떤 거래의 증빙으로 사용되는지, 거래사실과 금액을 확인할 수 있는 자료인지 먼저 구분해 보세요.
• 계산서 발급·수취와 관련해 정규영수증(세금계산서·계산서·신용카드 매출전표·현금영수증)을 받아야 하는 거래라면, 그 증명서류는 5년간 보관 대상입니다.
• 건별 거래금액이 3만원(부가가치세 포함) 이하이거나, 농·어민으로부터 직접 공급받는 경우 등 시행령에서 정하는 면제사유에 해당하면 정규영수증 수취·보관 의무가 면제될 수 있습니다.
• 직전 사업연도 수입금액이 30억원 이상(1년 미만 사업연도는 월수로 환산)인 법인은 지출증명서류 합계표를 작성·보관해야 하는 별도 의무도 있습니다.

정리하면, 계산서 발행 요청 내부문건이라고 해서 자동으로 5년 보관 대상이 되는 것은 아니고, 그 문서가 거래사실을 증명하는 장부·증거서류에 해당하는지에 따라 5년 보존 여부가 달라집니다. 거래의 증빙으로 기능하는 문서라면 5년 보존 대상으로 관리하는 것이 안전합니다.