법인 간 대출에서 발생한 이자소득을 지급할 때 원천세 신고·납부 의무는 이자를 실제로 지급하는 자에게 있습니다. 즉, 대출해 준 법인이 아니라 이자를 받아 가는 법인에게 이자를 지급하는 쪽(돈을 빌려준 법인)이 원천징수의무자가 되어, 이자 지급 시점에 법인세를 원천징수하고 그 징수일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 납세지 관할 세무서 등에 납부해야 합니다.
현재 질문은 법인 간 대출이라는 점만 주어졌으므로, 실제 이자소득의 종류(일반 이자소득인지 비영업대금 이익인지), 지급 시기, 대여 주체의 사업 형태 등에 따라 세율과 신고 방식이 달라질 수 있습니다.