법인으로 보는 단체가 건물을 매각했을 때 양도소득세와 법인세 중 어떤 세금을 납부해야 하나요?

법인으로 보는 단체는 세법상 법인으로 취급되므로, 건물 매각 시 원칙적으로 양도소득세가 아니라 법인세를 납부합니다. 다만 단체가 어떤 법인 유형인지, 매각 자산이 무엇인지, 수익사업 여부에 따라 신고 방식과 추가 과세 여부가 달라집니다.

1. 기본 원칙: 법인으로 보는 단체는 법인세 납세의무자

• 국세기본법상 법인으로 보는 단체(법인 아닌 단체 중 일정 요건을 갖춰 승인·신청된 단체)는 세법상 법인으로 보아 국세를 적용합니다.
• 따라서 건물 양도로 발생한 소득은 개인 양도소득세 과세 대상이 아니라 법인세 과세 대상입니다.
• 법인세 납세의무는 내국법인이면 국내외 모든 소득, 외국법인이면 국내원천소득에 대해 발생합니다.

2. 비영리내국법인인지 여부가 중요

• 비영리내국법인이 수익사업(제조업·건설업·도매 및 소매업 등 대통령령으로 정하는 사업, 이자·배당소득, 주식·출자지분 양도수입, 유형자산·무형자산 처분수입, 소득세법 제94조제1항제2호·제4호 자산 양도수입, 그 밖에 대가를 얻는 계속적 행위로 인한 수입 등)에서 생긴 소득이 있으면 그 소득에 대해 각 사업연도 소득으로 법인세를 신고·납부합니다.
• 비영리내국법인이 수익사업을 하지 않는 경우에도, 주식등·토지·건물·소득세법 제94조제1항제2호 및 제4호 자산의 양도로 인한 소득이 있으면 자산양도소득에 대한 신고 특례를 적용할 수 있습니다. 이 경우 소득세법을 준용해 계산한 양도소득세 상당액을 법인세로 신고·납부하는 방식(예정신고)을 선택할 수 있고, 그 후에도 법인세법 제60조제1항에 따른 과세표준 신고를 할 수 있습니다.
• 다만 처분일 현재 3년 이상 계속하여 해당 고유목적사업에 직접 사용한 자산은 과세에서 제외될 수 있습니다.

3. 토지등 양도소득에 대한 법인세 추가 납부 가능성

• 법인이 보유한 일정 요건의 주택(부수토지 포함)·별장·비사업용 토지, 그리고 2021.1.1. 이후 양도분부터 주택을 취득하기 위한 권리(조합원입주권·분양권)를 양도하면, 각 사업연도 소득에 대한 법인세 외에 토지등 양도소득에 대한 법인세를 추가로 납부해야 합니다.
• 건물은 기본적으로 토지등 양도소득의 과세대상이 될 수 있고, 특히 비사업용 토지나 주택·부수토지 등에 해당하면 추가 과세 대상이 됩니다.
• 토지등 양도소득은 양도가액에서 양도 당시 장부가액을 뺀 금액으로 계산하며, 미등기 토지등이면 세율이 더 높습니다.
• 하나의 자산이 둘 이상 규정에 해당하면 그중 가장 높은 세액을 적용합니다.
• 해당 사업연도에 결손금이나 이월결손금이 있어도 추가 법인세는 납부해야 합니다.

4. 신고 방식 정리

• 수익사업이 있는 비영리내국법인: 해당 양도소득을 각 사업연도 소득에 포함해 법인세 신고
• 수익사업이 없는 비영리내국법인: 자산양도소득 신고 특례를 적용해 양도소득세율을 준용한 법인세로 예정신고·납부 가능(선택 적용)
• 영리법인: 건물 양도차익을 각 사업연도 소득에 포함해 법인세 신고, 비사업용 토지·주택 등 요건에 해당하면 토지등 양도소득 법인세 추가 납부

5. 확인이 필요한 부분

• 해당 단체가 영리법인인지, 비영리내국법인인지, 비영리외국법인인지
• 건물이 비사업용 토지·주택·별장·조합원입주권·분양권 등 추가 과세 대상에 해당하는지
• 비영리내국법인이라면 수익사업 여부와 고유목적사업에 3년 이상 직접 사용했는지 여부
• 양도 시점(2021.1.1. 전후)에 따라 주택을 취득하기 위한 권리가 과세대상에 포함되는지 여부

위 조건에 따라 신고 방법과 추가 납부 여부가 달라지므로, 단체의 법인 유형과 건물 용도·보유기간·사용현황을 먼저 확인하시는 것이 좋습니다. 최신 개정 사항은 별도로 확인해 보시는 것을 권장드립니다.