합병 시 근로소득 지급명세서 제출은 어떻게 처리해야 하나요?

합병 시 근로소득 지급명세서 제출은 합병법인이 연말정산과 지급명세서 제출을 이어서 처리하는 것이 원칙입니다. 다만 실제 퇴직 없이 합병법인에서 계속 근무하는 임직원이 대상이며, 현실적인 퇴직이 있는 경우에는 퇴직소득 지급명세서 등 별도 처리가 필요합니다.

1. 연말정산 주체

   • 피합병법인의 임직원이 합병법인에 계속 취업하고 현실적인 퇴직을 하지 않은 경우, 해당 임직원에 대한 연말정산은 합병법인이 합니다.
   • 개인기업이 법인기업으로 전환하고 종업원을 계속 고용하며 퇴직급여충당금을 승계하는 경우에도 그 종업원에 대한 근로소득 연말정산은 해당 법인이 할 수 있습니다.

2. 지급명세서 제출 주체

   • 법인이 분할할 때 분할법인의 임직원이 분할신설법인에 계속 취업하고 현실적 퇴직을 하지 않은 경우, 연말정산은 분할신설법인이 하고 지급명세서도 연말정산하는 분할신설법인에서 제출합니다.
   • 합병도 같은 흐름으로 보면, 계속 근무자의 근로소득 지급명세서는 연말정산을 하는 합병법인이 제출하는 구조로 이해하면 됩니다.

3. 제출기한

   • 근로소득 지급명세서는 그 지급일이 속하는 과세기간의 다음 연도 3월 10일까지 원천징수 관할 세무서장 등에게 제출합니다.
   • 휴업·폐업·해산한 경우에는 휴업일·폐업일·해산일이 속하는 달의 다음다음 달 말일까지 제출합니다.

4. 실무에서 같이 확인할 점

   • 중도퇴사자는 연말정산(A02)과 계속근로자 연말정산(A04)을 구분해 신고하고, 중도퇴사자에 대한 근로소득 지급명세서도 계속 근로자분과 함께 제출기한까지 제출해야 합니다.
   • 계약직 근로자도 일반 근로자와 함께 지급명세서를 제출해야 하며, 퇴직소득·사업소득·기타소득 등 다른 원천징수 대상 소득이 있으면 해당 지급명세서도 별도로 누락 없이 제출해야 합니다.
   • 원천징수의무자가 휴업·폐업 등으로 지급명세서 제출기한까지 지급명세서를 제출한 경우, 간이지급명세서 제출의무자에서 제외될 수 있습니다.

합병 형태나 임직원의 퇴직 여부, 급여 승계 방식, 원천징수 신고 방식에 따라 제출 서식과 신고 구분이 달라질 수 있으므로, 실제 합병 구조와 급여 지급 시점을 기준으로 제출 주체와 기한을 다시 확인하는 것이 좋습니다.