연금저축과 퇴직연금 납입액은 종합소득세 소득공제가 아니라 세액공제 대상입니다. 질문하신 납입액(주식으로 넣었는지 여부와 무관)은 연금계좌 납입액에 해당하면 세액공제로 적용되며, 납입 방식과 상관없이 연금계좌 납입액으로 인정되는지가 핵심입니다.
주식으로 넣었다는 사실만으로 바로 공제 여부를 단정할 수는 없고, 해당 금액이 연금계좌 납입액으로 인정되는지가 먼저입니다. 인정된다면 연금저축 600만원과 퇴직연금 300만원 합계는 한도 구조에 비추어 세액공제 대상이 될 수 있습니다. 실제 적용 여부는 납입 금액, 과세기간, 종합소득금액 수준, 납입 방식 요건 충족 여부에 따라 달라지므로, 연금납입확인서 등으로 납입액과 공제 대상 여부를 확인해 보시는 것이 좋습니다.