기한 후 신고를 한 뒤 수정신고를 하더라도, 납부지연가산세는 세금을 실제 납부한 날까지 계속 계산됩니다. 수정신고·기한 후 신고 감면 규정은 과소신고·초과환급신고가산세나 무신고가산세에만 적용되고, 납부지연가산세는 이 감면 대상이 아닙니다.
납부지연가산세는 납부일까지 발생합니다. 법정납부기한까지 세금을 내지 않거나 적게 낸 경우, 미납세액 × 미납일수 × 1일 10만분의 22의 율로 계산한 금액과, 납부고지서에 따른 납부기한까지 미납한 세액 × 100분의 3에 해당하는 금액이 합산됩니다. 초과환급을 받은 경우에도 환급받은 날의 다음 날부터 납부일까지의 기간에 같은 이자율이 적용됩니다.
수정신고 감면은 과소신고·초과환급신고가산세에만 적용됩니다. 법정신고기한까지 신고한 사람이 법정신고기한이 지난 뒤 수정신고하면, 그 기간에 부과된 과소신고·초과환급신고가산세를 경과 기간에 따라 90%·75%·50%·30%·20%·10%로 감면받을 수 있습니다. 다만 과세관청이 경정할 것을 미리 알고 수정신고한 경우는 감면되지 않습니다.
기한 후 신고 감면은 무신고가산세에만 적용됩니다. 법정신고기한까지 신고하지 않은 사람이 기한 후 신고를 하면, 무신고가산세를 경과 기간에 따라 50%·30%·20%로 감면받을 수 있습니다. 이 역시 과세관청이 결정할 것을 미리 알고 신고한 경우는 제외됩니다.
납부지연가산세는 별도로 남습니다. 수정신고나 기한 후 신고를 하더라도 이미 발생한 납부지연가산세가 사라지지는 않으며, 실제 납부일까지 계속 늘어납니다. 중간예납·예정신고납부·중간신고납부와 관련해 납부지연가산세가 부과된 부분은 확정신고납부 관련 납부지연가산세와 중복해 부과하지 않는 조정 규정만 있습니다.
따라서 기한 후 신고 후 수정신고를 할 때는 과소신고·초과환급신고가산세와 무신고가산세의 감면은 검토할 수 있지만, 납부지연가산세는 납부 시점까지 계속 부담한다는 점을 함께 고려해야 합니다. 실제 세액은 미납세액, 미납일수, 신고 유형, 경정 예고 여부 등에 따라 달라지므로 개별 사안으로 확인하실 필요가 있습니다.