사업용계좌가 아닌 개인 계좌로 수표 입금이 이루어졌다고 해서 그 사실만으로 곧바로 세무조사 대상이 된다고 단정할 수는 없습니다. 다만 사업용계좌 사용·신고 의무를 위반한 경우에는 가산세 부과, 과세표준·세액 경정사유 발생, 일부 조세특례제한법상 감면 배제 등 불이익이 생길 수 있고, 그 결과 신고 내용이 불성실하다고 판단되면 세무조사 대상 선정 사유가 될 수 있습니다.
정리하면, 개인 계좌 수표 입금 자체보다 그 계좌가 사업용계좌 사용·신고 의무를 위반한 것인지, 차명계좌에 해당하는지, 그리고 신고 내용과 실제 거래 사실이 일치하는지가 중요합니다. 사업용계좌 사용 대상 거래인데도 개인 계좌로 받았다면 미사용 가산세 등이 문제 될 수 있고, 신고 내용이 불성실하다고 판단되면 조사 대상으로 이어질 가능성이 있습니다.
현재 상황만으로는 단정하기 어려우므로, 해당 입금이 사업용계좌 사용의무 대상 거래인지, 복식부기의무자에 해당하는지, 사업장별 신고 여부와 실제 사용 실적을 확인해 보시는 것이 좋습니다.