당초 세금계산서를 기준으로 각 사유별로 수정세금계산서를 계속해서 발급하는 구조인데, 수정 사유가 반복적으로 발생하여 발급해도 문제가 없나요?

적법한 수정 사유가 발생할 때마다 부가가치세법 시행령 제70조에서 정한 사유와 방법에 따라 수정세금계산서를 발급하는 구조라면, 원칙적으로 그 수정세금계산서 발급 자체로 세금계산서 발급 관련 가산세가 발생하지는 않습니다.

다만 다음 두 가지는 구분해서 보셔야 합니다.

• 수정세금계산서 발급은 가산세가 면제되는 것이 원칙이지만, 신고·납부 불성실 가산세는 별도로 판단해야 합니다.
• 수정 사유가 반복되더라도 같은 승인번호를 유지한 채 연속으로 수정발급하는 방식이 아니라, 당초 세금계산서를 기준으로 각 사유별로 수정세금계산서를 별도로 발급하는 방식입니다.

또한 수정세금계산서를 발급하지 않거나, 발급했더라도 매출처별세금계산서합계표 제출을 누락하면 세금계산서 미발급가산세 또는 합계표 미제출가산세가 적용될 수 있습니다. 그리고 수정 사유가 발생했는데 수정세금계산서가 아니라 (-)금액의 일반세금계산서를 발급하면, 당초 거래와 별개의 거래로 인식될 수 있어 추후 소명이 필요하거나 가산세 대상이 될 수 있습니다.

정리하면, 적법한 수정 사유와 방법에 따라 계속 수정세금계산서를 발급하는 것 자체는 문제가 되지 않지만, ① 신고·납부 불성실 가산세, ② 합계표 제출 누락, ③ 일반세금계산서로 잘못 발급하는 경우는 별도로 불이익이 생길 수 있습니다.

실무상 같은 승인번호로 연속 수정발급하는 기능은 일반적으로 제공되지 않으므로, 수정 사유가 생길 때마다 해당 사유에 맞는 수정세금계산서를 별도 발급하는 방식이 기본입니다. 구체적인 화면 선택 방식이나 시스템 처리 기준은 홈택스 등 실제 발급 환경에서 확인하시는 것이 좋습니다.