세금계산서 발행은 시가를 기준으로 발행해야 하나요?

세금계산서의 공급가액은 원칙적으로 실제 거래대가(공급받는 자로부터 받는 대가)를 기준으로 적는 것이 기본입니다. 다만 특수관계인에게 재화를 공급하면서 부당하게 낮은 대가를 받거나 무상으로 공급하는 경우, 또는 특수관계인에게 용역을 공급하면서 부당하게 낮은 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화·용역의 시가를 공급가액으로 봅니다.

즉, 모든 세금계산서를 무조건 시가로 발행해야 하는 것은 아니고, 거래 상대방이 특수관계인인지, 대가가 시가보다 부당하게 낮은지(또는 무상인지)에 따라 시가 기준이 적용됩니다.

• 일반 거래(특수관계인이 아닌 경우): 실제 받은 대가를 공급가액으로 적습니다. 시가보다 낮게 받았다고 해서 무조건 시가로 올리는 것은 아닙니다.
• 특수관계인 거래 중 시가 적용 대상:
  • 재화: 무상 또는 부당하게 낮은 대가 → 시가
  • 용역: 부당하게 낮은 대가 → 시가
  • 용역 무상공급은 원칙적으로 시가 과세 대상이 아니며, 사업용 부동산임대용역만 예외적으로 시가 기준이 적용됩니다.

시가보다 낮은 대가를 받았더라도 거래사실이 확인되고 필요적 기재사항이 사실과 다르지 않다면, 그 세금계산서가 곧바로 ‘사실과 다른 세금계산서’가 되는 것은 아닙니다. 다만 과세표준(공급가액)을 실제 대가보다 낮게 적으면 추후 경정이나 가산세 문제가 생길 수 있으므로, 특수관계인 거래라면 시가 해당 여부를 먼저 확인하는 것이 중요합니다.

실무에서는 ① 거래 상대방이 특수관계인인지, ② 재화인지 용역인지, ③ 무상·저가 공급인지, ④ 사업용 부동산임대용역인지 등을 함께 봐야 결론이 달라집니다.