퇴직금 정산차액 발생 시 원천징수영수증은 어떻게 발급하나요?

퇴직금 정산차액이 발생하면 원천징수의무자는 이미 지급된 퇴직소득과 이번에 지급할 퇴직소득을 합산한 금액에 대해 퇴직소득세를 다시 계산한 뒤, 이미 원천징수한 세액을 차감한 정산세액을 원천징수합니다. 이때 원천징수영수증은 퇴직소득 지급일이 속하는 달의 다음 달 말일까지 퇴직소득을 지급받는 사람에게 발급해야 하며, 만약 정산 과정에서 원천징수하지 않거나 환급하는 경우에는 그 사유를 함께 적어 발급합니다.

정산 시 근속연수 계산은 이미 지급된 퇴직소득의 근속연수와 이번에 지급할 퇴직소득의 근속연수를 월 단위로 더한 뒤, 두 기간에 겹치는 월수를 빼는 방식으로 합니다. 또한 퇴직자가 이미 받은 퇴직소득에 대한 원천징수영수증을 원천징수의무자에게 제출하면, 원천징수의무자는 그 영수증과 이번에 지급할 퇴직소득을 합산해 정산한 소득세를 원천징수하는 것이 기본 절차입니다.

특히 이연퇴직소득세가 있는 경우에는 절차가 더 보완됩니다. 퇴직자가 기 지급받은 원천징수영수증과 함께 연금계좌 현황자료 및 연금계좌원천징수영수증을 제출하면, 원천징수의무자가 정산된 퇴직소득세를 원천징수하고, 이후 이연퇴직소득세액이 변경되면 원천징수의무자가 연금계좌취급자에게 통보하며 연금계좌취급자가 변경된 이연퇴직소득세액을 반영하는 순서로 진행됩니다. 이 보완 절차는 2026년 7월 1일 이후 퇴직하여 지급받는 소득분부터 적용됩니다.

한편 국외 원천 퇴직소득이 포함되어 세액정산을 하는 경우에는, 이미 지급받은 퇴직소득에 대한 원천징수영수증 대신 과세표준확정신고서로 제출할 수 있도록 인정범위가 완화되었으며, 이는 2026년 7월 1일 이후 세액정산을 신청하는 분부터 적용됩니다.

정리하면, 정산차액이 있는 퇴직소득의 원천징수영수증은 일반 퇴직소득과 마찬가지로 지급일이 속하는 달의 다음 달 말일까지 발급하는 것이 원칙이고, 원천징수하지 않거나 환급하는 경우에는 그 사유를 함께 기재해야 하며, 정산 시에는 기존 퇴직소득과의 합산 및 근속연수 중복 제외 방식으로 세액과 근속연수를 다시 계산하게 됩니다.