연구개발출연금을 받아 연구개발비로 지출할 때 세액공제를 받을 수 있나요?

연구개발출연금을 받아 연구개발비로 지출하는 금액은 원칙적으로 연구·인력개발비 세액공제 대상에서 제외됩니다.

조세특례제한법 시행령 제9조제1항은 연구·인력개발비에서 제외되는 비용으로 다음 두 가지를 명시하고 있습니다.

• 법 제10조의2제1항에 따른 연구개발출연금등을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액
• 국가, 지방자치단체, 「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따른 공공기관 및 「지방공기업법」에 따른 지방공기업으로부터 출연금 등의 자산을 지급받아 연구개발비 또는 인력개발비로 지출하는 금액

즉, 연구개발 목적으로 국가 등으로부터 받은 출연금을 그대로 연구개발비로 쓰면 해당 비용은 신성장·원천기술연구개발비나 일반연구·인력개발비에서 빠지고, 그 금액에 대해서는 세액공제를 적용할 수 없습니다.

다만, 출연금이 아니라 민간부담금 등 다른 재원으로 지출한 비용은 해당 연구개발 활동, 연구원 전담 여부 등을 따져 실질 내용에 따라 세액공제 대상 여부를 판단하게 됩니다. 또한 국가로부터 받은 지원금이라도 연구개발이나 인력개발이 아닌 고용창출 등 다른 목적으로 받은 지원금을 사용해 연구개발비를 지출한 경우에는 위 제외 규정이 적용되지 않을 수 있습니다.

참고로 연구개발출연금등을 받아 익금불산입(과세이연) 혜택을 선택한 경우에는, 나중에 그 출연금을 실제 연구개발비로 지출할 때 그 지출액에 상당하는 금액을 해당 과세연도의 소득금액에 익금산입하는 방식으로 처리됩니다. 만약 출연금을 연구개발 목적 외로 사용하거나 사용 전에 폐업·해산하면 남은 금액을 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도에 익금산입하고 이자상당가산액도 함께 납부해야 할 수 있습니다.

정리하면, 정부 연구개발출연금으로 지출한 연구개발비 자체는 세액공제 대상에서 제외되므로, 세액공제를 받으려면 출연금과 구분해 자체 부담 등으로 지출한 비용이 어떤 재원에서 나왔는지와 실제 연구개발 활동 여부를 함께 확인해야 합니다.