법인이 보유한 아파트를 매각할 때는 원칙적으로 양도손익을 해당 사업연도의 익금 또는 손금으로 반영해 각 사업연도 소득에 대한 법인세를 신고·납부합니다. 다만 그 아파트가 법인세법 제55조의2에서 정한 토지등(주택·부수토지, 별장, 비사업용 토지, 조합원입주권·분양권 등)에 해당하면 각 사업연도 소득에 대한 법인세 외에 토지등 양도소득에 대한 법인세를 추가로 납부해야 합니다.
결론적으로, 법인 명의 아파트 매각은 원칙적으로 양도손익을 사업연도 소득에 반영해 법인세를 신고하되, 토지등 과세대상에 해당하면 추가 법인세까지 납부해야 하며, 자산의 성격과 양도시기에 따라 세율과 계산 방법이 달라질 수 있습니다.