부가가치세 예정신고 시 확정된 환급세액을 확정신고 시 반영하지 못한 경우 경정청구 시 가산세가 발생하나요?

예정신고에서 확정된 환급세액을 확정신고에 반영하지 못한 경우, 그 자체만으로 가산세가 없다고 단정할 수는 없습니다. 다만, 그 누락이 환급받을 세액을 실제보다 적게 신고한 결과로 이어졌다면 과소신고·초과환급신고가산세(국세기본법 제47조의3) 검토 대상이 될 수 있고, 반대로 환급세액을 실제보다 많이 신고한 결과라면 초과환급신고가산세(국세기본법 제47조의4) 검토 대상이 될 수 있습니다.

핵심은 어떤 세액이 과소 또는 초과로 신고되었는지입니다.

• 예정신고 환급세액을 확정신고에서 공제하지 않아 환급받을 세액을 실제보다 적게 신고한 경우 → 과소신고·초과환급신고가산세 검토 대상
• 예정신고 환급세액을 확정신고에서 잘못 처리해 환급세액을 실제보다 많이 신고한 경우 → 초과환급신고가산세 검토 대상

경정청구로 바로잡는다고 가산세가 자동으로 없어지는 것은 아니고, 아래처럼 수정신고·기한후신고 감면 규정이 적용될 수 있는지는 별도로 따져야 합니다.

• 법정신고기한까지 신고한 자가 수정신고를 한 경우, 과소신고·초과환급신고가산세는 신고 시점에 따라 90%·75%·50%·30%·20%·10% 감면될 수 있습니다(국세기본법 제48조제2항제1호). 다만 과세표준과 세액을 경정할 것을 미리 알고 수정신고한 경우는 제외됩니다.
• 법정신고기한까지 신고하지 않은 자가 기한 후 신고를 한 경우, 무신고가산세는 신고 시점에 따라 50%·30%·20% 감면될 수 있습니다(국세기본법 제48조제2항제2호). 이 역시 결정할 것을 미리 알고 신고한 경우는 제외됩니다.

또한 아래 사유에 해당하면 해당 과소신고·초과신고 부분에 대해 가산세가 적용되지 않을 수 있습니다(국세기본법 제47조의3제4항).

• 「부가가치세법」 제45조제3항 단서가 적용되는 경우(대손 시 사업자가 대손세액공제를 하지 않아 관할 세무서장이 경정한 경우 등)
• 그 밖에 상속세·증여세 평가 관련 사유, 부담부증여 양도 부분 경정, 주식 취득가액 감소 사유, 통합투자세액공제 요건 미충족 등 특정 사유

즉, 경정청구를 진행한다는 사실만으로 가산세가 없다고 단정할 수는 없고, ① 예정신고 환급세액 처리 방식이 과소신고인지 초과환급인지, ② 수정신고·기한후신고 감면 요건을 충족하는지, ③ 가산세 제외 사유에 해당하는지를 함께 확인해야 합니다.

실무적으로는 경정청구 전에 어떤 세액이 과소 또는 초과로 신고되었는지를 먼저 정리하고, 가능하면 경정청구와 함께 수정신고·추가납부 또는 환급 정리를 어떻게 할지 검토하는 것이 좋습니다. 가산세 감면은 ‘미리 알고 신고했는지’ 여부가 중요하게 작용하므로, 단순 누락인지 과세관청 조치 이후 인지 같은 사정도 구분해 두셔야 합니다.