세금계산서가 잘못 발행된 경우 매입자가 반려 혹은 취소할 수 있는지 궁금합니다.

전자세금계산서를 발급해 국세청에 전송한 뒤에는 매입자가 임의로 반려하거나 취소·삭제할 수 없습니다. 발급된 전자세금계산서는 공급자 기준으로 효력이 발생하며, 전송 후에는 삭제나 정정이 불가능하므로 잘못 기재된 내용이 있으면 수정세금계산서(수정전자세금계산서)를 발급하는 방식으로 바로잡아야 합니다. 다만, 공급자가 세금계산서 발급 자체를 거부하거나 발급하지 않은 경우에는 매입자가 관할 세무서장의 확인을 받아 매입자발행세금계산서를 발행할 수 있는 별도 절차가 있습니다.

이미 발급·전송된 전자세금계산서는 취소 불가

• 전자세금계산서를 발급하고 국세청에 전송된 분에 대해서는 삭제·폐기·정정이 불가능합니다.
• 따라서 매입자가 단순히 “잘못됐다”는 이유로 반려하거나 취소하는 방식은 인정되지 않습니다.
• 착오 기재 등이 있는 경우에는 부가가치세법 시행령 제70조에 따라 수정전자세금계산서를 발급해야 합니다.

잘못 발급된 경우의 정정 방법

• 수정세금계산서 발급 사유는 시행령 제70조에 열거되어 있으며, 대표적으로 다음과 같은 경우가 있습니다.
  • 처음 공급한 재화가 환입된 경우
  • 계약의 해제로 재화 또는 용역이 공급되지 않은 경우
  • 계약 해지 등으로 공급가액에 추가·차감 금액이 발생한 경우
  • 필요적 기재사항 등이 착오로 잘못 적힌 경우
  • 세율을 잘못 적용해 발급한 경우
  • 착오로 전자세금계산서를 이중으로 발급한 경우
  • 면세 등 발급대상이 아닌 거래에 대해 발급한 경우
• 수정 방식은 사유에 따라 다르며, 일반적으로 당초 세금계산서 내용대로 붉은색 글씨 또는 음(-)의 표시를 한 세금계산서를 발급하고, 수정분은 검은색 글씨로 작성해 발급합니다.
• 수정세금계산서도 전자세금계산서로 발급·전송하는 것이 원칙이며, 이미 전송된 건을 임의로 없애는 방식이 아니라 별도 수정분을 발급하는 구조입니다.

매입자가 직접 발급하는 경우(매입자발행세금계산서)

• 공급자가 세금계산서 발급 의무가 있음에도 발급하지 않은 경우, 매입자는 일정 요건을 갖추면 관할 세무서장의 확인을 받아 매입자발행세금계산서를 발행할 수 있습니다.
• 이는 “발급된 세금계산서를 취소”하는 제도가 아니라, 발급되지 않은 세금계산서를 매입자가 직접 발급받아 매입세액 공제를 확보하기 위한 제도입니다.
• 거래건당 공급대가가 5만원 이상이어야 하고, 공급시기가 속하는 과세기간 종료일부터 1년 이내에 거래사실 확인신청을 해야 합니다.
• 신청 시 거래사실을 입증할 수 있는 서류(대금 결제 증빙, 거래명세서 등)를 첨부해야 하며, 거래사실의 존재와 내용에 대한 입증책임은 신청인에게 있습니다.
• 신청 내용이 신청기간을 넘긴 것이 명백하거나, 거래 당시 미등록사업자·휴·폐업자와 거래한 것이 명백한 경우 등에는 관할 세무서장이 거래사실 확인을 거부할 수 있습니다.

실무상 주의할 점

• 전자세금계산서 발급 시 ‘발급보류’ 기능을 활용하면 매입자가 미리 확인할 수 있어 착오 기재로 인한 발급을 줄이는 데 도움이 됩니다.
• 이미 발급·전송된 세금계산서를 임의로 취소하려는 접근은 인정되지 않으므로, 착오 내용이 있으면 사유를 정리해 공급자에게 수정전자세금계산서 발급을 요청하거나, 발급 자체가 없었던 경우라면 매입자발행세금계산서 절차를 검토하는 것이 맞습니다.
• 필요적 기재사항(공급자 등록번호·성명, 공급받는 자 등록번호, 공급가액·부가가치세액, 작성 연월일 등)이 잘못되면 가산세 등 불이익이 생길 수 있으므로, 정정이 필요한 경우 지연 없이 수정하는 것이 중요합니다.

결론적으로, 이미 발급·전송된 전자세금계산서는 매입자가 반려하거나 취소할 수 없고, 잘못 기재된 경우에는 수정세금계산서 발급으로 정정하며, 애초에 세금계산서가 발급되지 않은 경우에는 매입자발행세금계산서 제도를 통해 매입세액 공제를 받을 수 있습니다.