모기업 감사실이 모기업과 자회사의 내부감사업무를 수행할 때, 이를 감사실 조직의 공동운영으로 판단할 수 있는지와 그 근거는 무엇인가요?

모기업 감사실이 모기업과 자회사의 내부감사업무를 함께 수행한다는 사실만으로 곧바로 ‘감사실 조직의 공동운영’으로 판단된다고 단정하기는 어렵습니다. 핵심은 감사실이 실질적으로 하나의 조직·사업·자산을 공동으로 운영·영위하는 구조인지, 그리고 문제 되는 비용이 그 공동 운영·영위에서 발생한 손비인지에 달려 있습니다. 단순히 동일 인력이 두 회사의 감사 업무를 수행하거나, 모기업 감사실이 자회사 감사까지 담당한다는 점만으로는 공동운영 판단이 자동 성립하지 않습니다.

1. 공동운영 판단의 기준

• 공동운영·공동영위는 둘 이상의 법인이 같은 조직, 자산, 사업을 함께 운영하거나 영위하는 실질을 의미합니다.
• 감사 업무의 수행 주체가 동일하더라도, 모기업과 자회사가 각각 독립된 조직·사업·자산을 가지고 있고 비용도 각자 자기 사업 목적으로 지출했다면, 이를 두고 곧바로 ‘동일한 조직·자산·사업을 공동 운영·영위’한다고 보기는 어렵습니다.
• 반대로 양사가 감사 조직, 인력, 자산, 비용을 실질적으로 공유하면서 동일한 사업을 함께 운영하는 구조라면 공동경비 분담기준 적용 대상이 될 수 있습니다.

2. 모기업 감사실의 자회사 감사 수행에서 살펴볼 점

• 감사실이 모기업 소속인지, 자회사에도 별도 감사 조직·계약이 있는지
• 자회사 감사 업무가 자회사의 고유 업무로서 부여·통제되는지, 아니면 모기업 업무만 수행하는지
• 급여가 자회사에서 별도 계약으로 지급되고 실제 업무 실체가 자회사에 귀속되는지
• 비용 부담 주체와 지출 주체가 일치하는지

3. 공동경비로 문제 될 수 있는 경우

• 동일 인물이 두 회사에서 같은 업무를 수행하면서 비용이 중복 지급되거나, 실질 부담 주체와 지출 주체가 다른 경우
• 자회사가 실질적으로 부담하지 않는 비용을 형식적으로 지급한 것으로 볼 수 있는 경우
• 이 경우에는 공동경비뿐 아니라 업무무관 지출, 과다경비, 부당행위계산 부인 등 다른 쟁점도 함께 검토될 수 있습니다.

4. 정리

• 모기업 감사실이 자회사 내부감사까지 수행한다는 사정만으로 감사실 조직의 공동운영이라고 단정할 수는 없고, 실질적 조직·자산·사업의 공동 운영·공유 여부를 기준으로 판단해야 합니다.
• 실제 대응에서는 ① 공동 운영·공유 사실이 있는지, ② 해당 비용이 공동경비인지 각 법인의 고유 비용인지, ③ 분담기준 적용 대상이라면 어떤 기준(출자비율, 매출액·총자산가액 비율, 약정 비율 등)이 적용되는지를 계약·업무자료·비용 부담 구조로 구분해 확인하는 것이 중요합니다.

관련 근거는 법인세법 시행령 제48조제1항 및 제2항, 같은 법 시행규칙 제25조, 그리고 2025년 개정 내용(비출자공동사업자의 직전 사업연도 매출액이 없는 경우 선택 규정 신설, 자산 공동 운영에 따른 손비 추가)을 함께 보시면 됩니다.