수입재화의 경우 수입신고 수리일(필증 날짜)을 기준으로 세금계산서를 발급하는 것이 원칙입니다. 질문하신 사례처럼 필증 날짜가 9월 11일 이전이라면, 9월 말일을 작성연월일로 하는 월합계 세금계산서보다 수입신고 수리일에 맞춰 발급하는 것이 맞습니다.
질문 내용에서 필증 날짜가 9월 11일 이전이라고 하셨으므로, 9월 11일 무렵의 수입신고 수리일이 실제 공급시기가 됩니다. 이 경우 9월 말일을 작성연월일로 하는 월합계 세금계산서 특례(다음 달 10일까지 발급)를 적용하기보다, 수입신고 수리일에 맞춰 발급하는 것이 원칙적인 처리입니다.
다만 실무에서는 수입세금계산서를 세관장이 발급하는 구조와, 사업자가 별도로 발급하는 세금계산서의 관계가 거래 형태·보세구역 반입 여부 등에 따라 달라질 수 있습니다. 특히 보세구역을 거쳐 반입하는 경우 수입시기 판단이 달라질 수 있으니, 실제 수입신고 수리일과 보세구역 반입 여부를 기준으로 확인하시는 것이 좋습니다.
정리하면, 필증 날짜(수입신고 수리일)가 9월 11일 이전이라면 9월 말일 기준으로 미루지 말고 수입신고 수리일 기준으로 세금계산서 발급 시기를 판단해야 합니다.