상가주택 매도 시 부가가치세 부담 주체를 계약서에 명시하지 않으면 어떻게 되나요?

상가주택 매도 시 계약서에 부가가치세 부담 주체를 명시하지 않으면, 건물분 매매대금액에 부가가치세가 포함된 것으로 보아 매도인이 부가가치세를 부담하는 결과가 될 수 있습니다. 부가가치세는 원칙적으로 사업자가 재화 또는 용역을 공급할 때 공급가액에 세율을 적용해 계산하고 공급받는 자로부터 징수하는 세금인데, 대가에 부가가치세가 포함되어 있는지가 분명하지 않은 경우에는 그 대가로 받은 금액에 110분의 100을 곱한 금액을 공급가액으로 봅니다.

• 적용 기준: 부가가치세법 제29조제7항은 사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 그 대가로 받은 금액에 부가가치세가 포함되어 있는지가 분명하지 아니한 경우 그 대가로 받은 금액에 110분의 100을 곱한 금액을 공급가액으로 한다고 규정합니다. 집행기준도 세액이 별도 표시되지 않았거나 부가가치세 포함 여부가 불분명한 경우 그 대가에 100/110을 곱한 금액을 공급가액으로 본다고 설명합니다.
• 계약서 특약의 중요성: 상업용 건물·상가주택 등을 매매할 때는 “건물분 부가가치세는 별도” 또는 “부가가치세는 매매대금과 별도” 같은 문구를 계약서에 명확히 적어 매수자가 부담하도록 합의하는 것이 일반적입니다. 이러한 별도 약정이 없으면 총 매매대금에 건물분 부가가치세가 포함된 것으로 해석될 여지가 큽니다.
• 건물과 토지 구분: 토지는 부가가치세가 면제되므로, 건물분에 대해서만 부가가치세가 문제됩니다. 따라서 매매대금을 건물과 토지로 구분해 기재하는 것이 원칙이고, 실지거래가액으로 구분하는 것이 우선이며 구분이 불분명하면 기준시가 등으로 안분계산할 수 있습니다.
• 사업 포괄양도 여부: 단순 건물 매매가 아니라 사업장별로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계하는 사업의 포괄양도에 해당하면 재화의 공급으로 보지 않아 부가가치세가 과세되지 않습니다. 다만 포괄양도 해당 여부가 불분명하면 양수자가 대가를 지급하는 날이 속하는 달의 다음 달 25일까지 부가가치세를 대리납부하는 방식으로 처리할 수 있습니다.
• 주의할 점: 계약서에 부가가치세 관련 사항을 명확히 적지 않으면 매도인이 건물분 부가가치세를 부담하게 되는 분쟁이 생길 수 있고, 포괄양도로 처리했는데 요건 미충족으로 판단되면 세금계산서 미발급 가산세, 신고불성실 가산세, 납부불성실 가산세 및 매수인의 매입세액 불공제 문제가 발생할 수 있습니다. 따라서 계약 전에 건물·토지 가액 구분, 부가가치세 별도 여부, 사업 포괄양도 해당 여부를 정리해 두는 것이 필요합니다.

최신 개정 사항을 별도로 확인해 보시는 것을 권장드립니다.