5월과 6월분은 수정신고세액에 기재하고, 8월분은 전월미환급세액에 이미 반영되었으니 그대로 두면 되는 것이 맞나요?

말씀하신 방향이 맞습니다. 5월·6월분은 수정신고세액에 반영하고, 8월분은 이미 전월미환급세액에 반영된 상태라면 그대로 두는 것이 원칙입니다.

• 5월·6월 수정으로 실제 원천징수세액이나 환급세액이 늘었다면, 그 증감분은 수정분 원천징수이행상황신고서를 별도로 제출하고, 함께 제출하는 정기분 신고서의 A90 수정신고세액란에 반영하는 방식으로 정리합니다.
• 8월분이 이미 전월미환급세액(전월 미환급세액 조정란)에 잡혀 있다면, 그 금액 자체를 수정신고분에 다시 넣거나 지우고 옮겨 적을 필요는 없습니다. 이미 반영된 금액을 다시 넣으면 이중 반영이 될 수 있습니다.
• 다만 8월 수정으로 실제 세액이 늘거나 줄어든 부분이 있다면, 그 증감분만 A90 반영 대상인지 따로 확인하시면 됩니다.
• 귀속연월·지급연월이 다른 소득을 같은 달에 함께 지급한 경우에는 귀속연월별로 별지로 작성해야 하므로, 5·6·8월 수정분도 귀속연월·지급연월이 맞게 구분되어 있는지 함께 확인하시는 것이 좋습니다.

정리하면, 5·6월분은 수정신고세액에 반영하고, 8월분은 전월미환급세액에 이미 반영된 상태라면 그대로 두는 방식이 맞습니다. 이미 반영된 금액을 임의로 지우고 수정신고세액에 옮겨 적는 방식은 맞지 않습니다.