멸실된 토지를 재건축하여 주택을 지은 경우, 해당 주택의 보유기간은 어떻게 계산하나요?

멸실된 토지를 재건축해 주택을 지은 경우, 보유기간 계산은 재건축 방식과 어떤 세금을 보는지(양도소득세 vs 종합부동산세)에 따라 달라집니다. 핵심은 멸실된 종전 주택의 취득일부터 보유기간을 통산할 수 있는지 여부입니다.

1. 소득세법상 1세대 1주택 비과세·장기보유특별공제에서의 보유기간

• 소실·노후 등으로 멸실되어 재건축한 주택은 멸실된 주택과 재건축한 주택의 보유기간 및 거주기간을 통산합니다(소득세법 시행령 제154조제8항제1호).
• 다만 공사기간은 거주기간에 포함하지 않습니다.
• 도시 및 주거환경정비법에 따른 재개발·재건축의 경우에는 종전주택과 재건축주택의 보유·거주기간을 통산하고, 공사기간도 보유기간에 포함하되 거주기간에는 포함하지 않습니다.
• 승계조합원은 부동산을 취득할 수 있는 권리를 취득한 것이므로, 신축 완성주택의 취득시기(사용승인서 교부일 등)부터 보유기간을 기산합니다.

2. 종합부동산세 1세대 1주택 보유기간 계산 특례

• 종합부동산세에서 1세대 1주택자의 보유기간별 세액공제(5년 이상 20%, 10년 이상 40%, 15년 이상 50%)를 적용할 때, 소실·도괴·노후 등으로 멸실되어 재건축 또는 재개발한 주택은 멸실된 주택을 취득한 날부터 보유기간을 계산합니다(종합부동산세법 시행령 제4조의5제1항).
• 이 특례를 적용받으려면 주택 보유현황 신고기간(매년 9월 16일~9월 30일)에 1세대 1주택자 보유기간 계산 특례(변경)신청서(별지 제29호서식)를 관할 세무서장에게 제출해야 합니다. 배우자로부터 상속받은 주택의 경우에는 혼인관계증명서를 첨부합니다(소득세법 시행규칙 제4조의11).
• 최초로 제출한 연도의 다음 연도부터는 제출 사항에 변동이 없으면 제출하지 않을 수 있습니다.

3. 멸실 후 재건축이 아니라 단순 멸실(나대지)인 경우와의 구분

• 질문하신 사례는 멸실된 토지를 재건축해 주택을 지은 경우이므로, 위 통산 규정 및 종합부동산세 특례가 적용될 수 있습니다.
• 반면 멸실 후 재건축 없이 나대지로 보유하다 양도하는 경우는 비사업용 토지 판단 등 다른 기준이 적용될 수 있어, 단순 멸실과 재건축 후 양도는 구분해서 봐야 합니다.

4. 실제 판단에서 확인할 점

• 재건축 방식이 임의 재건축(소실·노후 등)인지, 도시정비법에 따른 재개발·재건축인지에 따라 공사기간 통산 여부가 달라집니다.
• 원조합원인지 승계조합원인지에 따라 보유기간 기산일이 달라집니다.
• 종합부동산세 특례를 받으려면 신고기간 내 신청서 제출이 필요하므로, 신고·제출 기한을 놓치지 않아야 합니다.
• 보유기간·거주기간 통산은 1세대 1주택 비과세나 장기보유특별공제, 종합부동산세 보유기간 공제 등 각 제도의 요건 안에서 적용되므로, 양도 시점과 주택 수·거주기간 등 전체 요건을 함께 확인해야 합니다.

정리하면, 멸실된 토지를 재건축해 주택을 지은 경우 원칙적으로 멸실된 종전 주택의 취득일부터 보유기간을 통산할 수 있고, 종합부동산세에서는 멸실된 주택 취득일부터 보유기간을 계산하는 특례를 신청할 수 있습니다. 다만 재건축 방식과 조합원 지위, 신청 절차, 다른 비과세·공제 요건에 따라 결과가 달라질 수 있습니다.