총원가기준법과 원가요소법은 모두 제조간접원가 배부차이를 기말재공품·기말제품·매출원가에 나누어 조정하는 방법이지만, 배부차이를 나누는 기준이 다릅니다.
정리하면, 두 방법 모두 차이를 여러 계정에 나누어 반영한다는 점은 같지만, 원가요소법은 제조간접원가 예정배부액 기준, 총원가기준법은 총원가 기준이라는 차이가 있습니다. 실무에서는 배부차이 금액이 중요하지 않거나 기말재공품·제품 금액이 매출원가에 비해 매우 적을 때 매출원가 조정법을 쓰기도 하고, 배부차이를 영업외손익으로 처리하는 방법도 있습니다.
관련 근거는 법인세법 집행기준상 제조간접원가 배부차이 조정 방법(비례배분법, 매출원가조정법, 기타비용조정법)과 그 하위 구분(원가요소별 비례배분법, 총원가비례배분법)에 설명되어 있습니다.