직원 본인의 대학원 등록금을 회사가 지원하면 비과세가 되나요?

직원 본인의 대학원 등록금도 요건을 갖추면 비과세 학자금으로 처리할 수 있습니다. 대학원 등록금이라는 이유만으로 자동 비과세되는 것은 아닙니다.

「소득세법 시행령」 제11조에 따라, 회사가 지원한 금액이 비과세되려면 다음 요건을 모두 충족해야 합니다.

• 학교와 비용: 국내 대학원 등 「고등교육법」에 따른 학교(외국의 유사 교육기관 포함)에 낸 입학금·수업료 등 공납금이어야 합니다.
• 업무 관련성: 직원이 하는 업무와 관련된 교육·훈련이어야 합니다.
• 회사 지급기준: 회사 규칙 등에 미리 정해진 지급기준에 따라 지원해야 합니다.
• 6개월 이상 교육: 교육·훈련기간이 6개월 이상이면, 교육을 마친 뒤 교육기간을 초과해 근무하지 않는 경우 지원금을 반환한다는 조건이 있어야 합니다.
• 비과세 한도: 해당 과세기간에 납입할 금액을 한도로 합니다.

따라서 예를 들어 업무와 관련된 대학원 과정의 등록금을 회사 규정에 정한 기준으로 지원하고, 장기 교육에 대한 반환 조건까지 갖췄다면 비과세 적용이 가능합니다. 반대로 업무와 무관한 과정이거나 회사의 정해진 지급기준 없이 지원하는 경우 등 요건을 충족하지 못하면 비과세 학자금으로 보기 어렵고, 직원의 근로소득에 포함해 처리해야 할 수 있습니다.

회사는 지급 전에 교육과정과 담당 업무의 관련성, 사내 지급규정, 등록금 납부 증빙을 확인하고, 교육기간이 6개월 이상이면 반환 조건을 문서로 정해 두시는 것이 좋습니다. 비과세로 처리한 금액은 교육비 세액공제 대상액에서 제외될 수 있으므로, 같은 등록금을 비과세와 교육비 공제에 중복 반영하지 않도록 구분해 관리해야 합니다.