총괄납부사업자가 지점에서 공급한 매출을 본점 명의로 세금계산서 발급했다면, 실제 공급한 지점에 공급가액의 1% 세금계산서 미발급 가산세가 적용될 수 있습니다.
총괄납부는 여러 사업장의 부가가치세를 모아 납부하는 제도이지, 지점 매출을 본점 명의로 발급해도 된다는 뜻은 아닙니다. 따라서 지점이 실제 공급자라면 지점에서 세금계산서를 발급해야 합니다. 총괄납부사업자의 종사업장이 공급하면서 주사업장 명의로 발급한 경우에는 지점에 미발급 가산세를 적용하고, 본점에는 세금계산서 기재불성실 가산세를 적용하지 않는 것으로 봅니다.
가산세는 잘못 발급한 세금계산서의 공급가액 × 1%로 계산합니다. 예를 들어 공급가액이 1,000만 원이라면 가산세는 10만 원입니다. 이 가산세는 부가가치세 납부세액에 더해지거나 환급세액에서 차감될 수 있습니다.
다만, 실제로 사업자 단위 과세를 적용받는 사업자인지, 아니면 총괄납부만 적용받는 사업자인지 구분해야 합니다. 사업자 단위 과세는 본점 등을 기준으로 등록하는 별도 제도이므로, 총괄납부사업자에 대한 위 판단을 그대로 적용할 수 없습니다. 또 공급 시점이 과거라면 당시 규정의 적용 여부도 확인해야 합니다. 지점·본점의 사업자등록 형태와 해당 과세기간의 세금계산서 발급 및 신고 내용을 함께 대조해 보시는 것이 좋습니다.