업무와 관련 없는 자격증 취득 비용을 회사가 지원하면 어떻게 처리하나요?

업무와 관련 없는 자격증 취득비를 회사가 직원에게 지원하면, 일반적으로 그 지원액은 직원의 근로소득으로 보아 급여에 포함해 원천징수·연말정산하는 것이 안전합니다.

소득세법상 근로소득에는 근로의 대가인 급여뿐 아니라 학자금 등 근로자가 회사에서 받는 경제적 이익도 포함될 수 있습니다. 따라서 자격증이 현재 직무나 회사 업무와 무관하고, 회사가 개인의 자기계발 비용을 대신 부담한 것이라면 단순히 ‘교육비’나 ‘복리후생비’로 처리한다고 비과세가 되는 것은 아닙니다. 업무와 관련이 불분명한 경우에는 과세 근로소득으로 처리하는 쪽이 안전합니다.

회사가 처리할 때

• 회사가 자격증 발급기관에 직접 납부하든 직원에게 비용을 환급하든, 직원이 실제로 얻은 지원 혜택을 급여자료에 반영하는 방식으로 검토합니다.
• 지급액은 근로소득 원천징수와 연말정산에 반영하고, 소득세와 별도로 개인지방소득세 원천징수도 함께 처리합니다. 근로소득 원천징수는 사업소득처럼 일률적인 3% 세율을 적용하는 방식이 아니라 근로소득 기준에 따릅니다.
• 회사 장부에서는 실제 지급 목적과 수혜자를 확인할 수 있도록 신청서, 영수증, 지급내역, 자격증과 직무의 관련성 검토자료를 보관하세요. 회사 비용으로 인정되는지는 지급의 업무 관련성 및 실질에 따라 별도로 판단해야 하며, 직원 개인의 사적 자격증 비용을 복리후생비로 이름만 바꾸어 처리하는 것은 적절하지 않습니다.

반대로 자격증이 직원의 현재 업무 수행이나 회사가 필요로 하는 직무역량과 직접 관련되고, 회사가 업무상 필요에 따라 교육을 실시·지원한 사실이 확인된다면 과세 여부가 달라질 여지가 있습니다. 다만 이 경우에도 자격증의 내용, 직무와의 연관성, 지원 대상·기준의 일관성 등을 함께 살펴야 합니다. 이미 급여로 처리하지 않고 지급했다면 지급액과 지급 시점을 확인해 원천징수 및 지급명세서 처리를 점검하시기 바랍니다.