법인 공장 매입 때 부담한 중개보수·법무사무소 비용의 매입세액은 토지 취득에 해당하는 부분은 공제되지 않고, 공장 건물 등 과세사업용 자산에 해당하는 부분은 요건을 갖추면 공제될 수 있습니다. 비용 이름만으로 전액 불공제 여부를 정하기보다는 실제로 어떤 자산의 취득·등기와 관련된 비용인지 구분해야 합니다.
부가가치세법상 사업자가 자기의 과세사업에 사용할 목적으로 공급받은 용역의 매입세액은 원칙적으로 공제됩니다. 다만 토지 취득이나 토지의 가치를 높여 토지 취득원가를 이루는 비용에 관련된 매입세액은 불공제입니다. 따라서 토지 매입을 위한 중개보수나 토지 소유권 이전·취득 관련 법무사 비용은 토지 관련분으로 보아 공제받기 어렵습니다.
공장 건물의 취득·등기와 관련된 비용은 토지 관련분과 구분해 검토합니다. 해당 건물을 과세사업에 사용하고, 비용에 부가가치세가 실제로 별도 표시된 적법한 세금계산서를 받는 등 공제 요건을 갖췄다면 건물 관련 매입세액은 공제 가능성이 있습니다. 반대로 면세사업에 쓰이거나 사업과 직접 관련이 없는 부분은 공제되지 않습니다.
실무적으로는 중개계약서·세금계산서·법무사 청구서의 업무 내용을 확인해 토지분과 건물분을 구분하고, 혼재된 금액은 근거 자료에 따라 합리적으로 나누어 신고하는 것이 중요합니다. 토지 취득과 건물 취득이 비용 내역에서 구분되지 않으면 전액 공제를 단정하기 어렵습니다. 불공제 매입세액을 공제해 신고하지 않도록 세금계산서와 비용 산출내역을 함께 보관하세요.