이렇게 다시 수정하면 세금계산서 지연발급 가산세가 없어지나요?

수정세금계산서를 다시 발급해도 이미 발생한 지연발급 가산세가 자동으로 없어지지는 않습니다. 다만, 애초 세금계산서를 제때 발급했는데 기재사항만 잘못되어 적법하게 수정하는 경우라면, 그 수정 발급 자체에는 보통 지연발급 가산세가 붙지 않습니다.

부가가치세법상 세금계산서는 원칙적으로 재화·용역의 공급 시기에 발급해야 합니다. 정해진 발급시기를 넘긴 뒤 해당 공급이 속한 과세기간의 확정신고기한까지 발급하면, 공급자에게 공급가액의 1% 지연발급 가산세가 적용될 수 있습니다. 그 확정신고기한까지도 발급하지 않으면 원칙적으로 2% 미발급 가산세 대상이 될 수 있습니다. 다만 공급일이 오래된 거래는 부칙에 따라 당시 규정이 적용될 수 있어 공급일 확인이 필요합니다.

수정세금계산서는 당초 세금계산서의 오류를 바로잡는 절차입니다. 착오로 필요적 기재사항을 잘못 적은 경우 등 법령상 사유와 절차에 맞춰 수정할 수 있지만, 그 수정이 당초 세금계산서의 실제 발급일을 소급해 바꾸어 주는 것은 아닙니다. 따라서 당초 발급이 늦었다면 수정 발급만으로 지연발급 가산세를 없애기는 어렵습니다. 반대로 당초 발급은 제때 했고 단순 기재 오류를 적법하게 수정하는 상황이라면 수정 발급 자체의 가산세와 당초 발급 지연 문제를 구분해서 판단해야 합니다.

수정 사유가 착오가 아니라 다른 사유인 경우에는 수정 발급 가능 기간이나 방법이 다를 수 있습니다. 또 세무조사 통지, 현지 확인 착수, 과세자료 해명 안내 등으로 과세표준·세액이 정정될 것을 미리 안 경우에는 일부 수정 발급이 제한될 수 있습니다.

따라서 수정 후 가산세 여부는 공급일, 최초 세금계산서 발급일, 수정 사유, 해당 과세기간의 확정신고기한을 기준으로 판단하셔야 합니다. 전자세금계산서의 수정 발급이 적법하더라도, 신고·납부를 잘못한 데 따른 별도 가산세는 따로 검토될 수 있습니다.