지점 사업자단위과세 추가 전 본점 사업자등록번호로 수취한 공장 건설비용 매입세금계산서가 향후 임대 시 잘못된 세금계산서로 판단될 가능성이 있나요?

공장 건물이 법인의 과세사업에 사용될 예정이고 세금계산서의 거래 내용과 공급받는 자 정보가 실제와 맞다면, 용인 사업장을 사업자단위과세에 추가하기 전 본점 사업자등록번호로 받은 건설비 세금계산서라는 이유만으로 잘못된 세금계산서가 되는 것은 아닙니다.

부가가치세법 제38조는 사업에 사용하거나 사용할 목적으로 공급받은 재화·용역의 매입세액을 공제하도록 합니다. 법인의 사업장 확장·신설과 관련한 건설용역은 새 사업장이 과세사업을 영위하는 경우 기존 사업장에서 공제할 수 있는 기준도 있습니다. 따라서 본점 번호로 수취했다는 사실보다 공사가 법인의 사업을 위한 것인지, 완공 후 실제 과세사업에 사용할 것인지, 세금계산서와 실제 거래가 일치하는지가 중요합니다.

말씀하신 것처럼 토지 관련 매입세액은 불공제하고 공장 건물 관련 매입세액만 공제하고 있다면, 추후 용인 공장을 과세되는 임대사업에 사용할 계획인 경우 건물 공사비 매입세액은 공제 가능성이 있습니다. 다만 공장 건물의 실제 용도나 임대 형태가 면세사업 등에 해당하면 판단이 달라질 수 있고, 공사비 중 토지 조성비 등 토지 원가에 해당하는 지출은 건물 공사비와 구분해야 합니다.

확인하실 사항은 다음과 같습니다.

• 세금계산서의 공급받는 자가 법인으로 정확히 기재되어 있고, 공급가액·부가가치세액·작성일과 실제 공사 내역이 맞는지 확인합니다. 본점 상호·주소 등 필요적 기재사항이 아닌 항목의 단순 오류와, 공급받는 자 등록번호 등 필요적 기재사항의 오류는 구분해야 합니다.
• 공사계약서, 대금 지급자료, 공사내역서 등을 보관해 해당 지출이 용인 공장 건설과 관련된 법인의 사업비임을 설명할 수 있게 합니다.
• 용인 사업장을 사업자단위과세의 종된 사업장으로 추가하는 절차와, 기존 본점 번호로 받은 세금계산서의 적정성은 별개로 판단합니다. 나중에 사업장을 추가한다고 해서 기존 세금계산서가 소급해 잘못된 것으로 바뀌는 것은 아닙니다.

반대로 실제 공급받는 법인이 아닌 다른 사업자의 번호로 발급받았거나, 실제 거래와 다른 공급자·공급받는 자·공급내용이 적혀 있다면 매입세액 공제가 문제될 수 있습니다. 현재 말씀하신 사정만으로는 본점 번호를 사용했다는 점 자체가 공제 배제 사유라고 보기는 어렵습니다.