수입세금계산서와 관세환급금의 관계는 어떻게 되나요?

수입세금계산서는 수입할 때 납부한 부가가치세를 증명하는 서류이고, 관세환급금은 수입원재료에 대해 납부한 관세를 돌려받는 금액이므로 서로 다른 세금·절차입니다.

• 수입세금계산서: 세관장이 수입자에게 발급합니다. 수입한 재화가 사업에 사용되는 등 공제 요건을 갖추면, 수입세금계산서에 적힌 부가가치세액을 수입 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제할 수 있습니다. 사업과 무관한 수입이거나 법에서 정한 불공제 사유에 해당하면 공제되지 않습니다.
• 관세환급금: 관세를 환급받는 것이므로, 수입세금계산서상의 부가가치세를 돌려받는 것과는 별개입니다. 관세환급금을 받았다고 해서 수입세금계산서의 부가가치세 공제액이 자동으로 바뀌는 것은 아닙니다.
• 다만 수입원재료로 만든 재화를 내국신용장에 따라 수출업자에게 공급하면서 관세환급금을 받는 경우에는, 그 환급금이 재화 공급 대가의 일부로 취급됩니다. 이때 환급금 상당액도 영세율 과세표준에 포함해 세금계산서를 발급해야 합니다. 나중에 실제 환급액과 정산액이 달라져 차액이 확정되면, 확정된 때 수정세금계산서를 발급하는 방식으로 처리합니다.

따라서 수입 단계에서는 수입세금계산서에 따른 수입 부가가치세 매입세액 공제를 검토하고, 이후 국내 공급 단계에서 관세환급금을 공급대가로 받았다면 그 금액의 영세율 과세표준 및 세금계산서 반영 여부를 별도로 확인하셔야 합니다. 거래가 내국신용장 방식이 아닌 경우에는 위 관세환급금의 공급대가 처리 규칙이 그대로 적용된다고 단정하기 어려우므로 계약과 정산 구조를 함께 살펴야 합니다.