보세구역 내에서 국내사업자끼리 재화를 공급할 때 세금계산서를 발급해야 하나요?

보세구역 안에서 국내사업자끼리 재화를 거래하면 원칙적으로 부가가치세 과세대상 재화의 공급이므로 세금계산서를 발급해야 합니다. 보세구역이라는 이유만으로 거래가 과세대상에서 제외되지는 않습니다.

부가가치세법 제32조는 과세되는 재화를 공급하는 사업자가 공급받는 자에게 세금계산서를 발급하도록 정하고 있습니다. 보세구역 안에서 사업자 간에 재화를 사고파는 것도 재화를 인도하거나 양도하는 거래라면 일반적인 국내 재화 공급과 같이 취급됩니다. 외국에서 보세구역으로 물품이 들어온 단계는 아직 수입에 해당하지 않을 수 있지만, 그 사실이 보세구역 안에서 이루어진 사업자 간 공급까지 비과세로 만드는 것은 아닙니다.

다만, 다음 거래는 별도로 보셔야 합니다.

• 보세구역 안에서 다른 국내사업자에게 공급하는 경우: 원칙적으로 세금계산서를 발급합니다.
• 보세구역에서 국내 보세구역 밖으로 재화를 공급하고, 매수인이 해당 재화를 수입하는 경우: 수입세금계산서에 포함된 공급가액을 제외한 나머지 금액을 기준으로 세금계산서를 발급하는 특례가 적용될 수 있습니다. 공급가액과 수입세금계산서상 금액이 같거나 더 낮으면 발급할 세금계산서가 없을 수 있으므로, 단순히 보세구역 안에서 거래한 경우와 구분해야 합니다.
• 법령상 세금계산서 발급의무가 면제되는 거래에 해당하면 예외가 될 수 있습니다.

따라서 질문하신 거래가 보세구역 안에서 국내사업자에게 재화를 공급하는 일반적인 거래라면 세금계산서를 발급하시면 됩니다. 다만 물품이 보세구역 밖으로 반출되어 매수인 명의로 수입 통관되는 구조라면, 수입세금계산서와 공급가액을 대조해 발급 금액 또는 발급의무를 따로 판단해야 합니다.