종전주택을 신규주택 취득일부터 3년 안에 팔지 못했다고 해서 그날 바로 양도소득세가 부과되는 것은 아니지만, 이후 종전주택을 양도할 때 일시적 2주택 비과세 특례를 적용받지 못할 수 있습니다.
기한이 지난 뒤에도 두 주택을 계속 보유하는 동안에는 양도 자체가 없으므로 양도소득세 신고·납부도 발생하지 않습니다. 다만 나중에 종전주택을 팔면, 그때의 주택 수와 보유·거주 요건 등에 따라 일반적인 양도소득세 계산을 하게 됩니다. 양도차익이 있으면 세금이 나올 수 있고, 장기보유 특별공제 등은 해당 요건을 충족하는지 별도로 판단합니다. 산출된 양도소득세와 별도로 지방소득세도 부과될 수 있습니다.
종전주택을 양도한 경우 예정신고·납부 기한은 원칙적으로 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월입니다. 신고하지 않거나 납부가 늦어지면 가산세가 발생할 수 있습니다. 다만 현재 자료만으로는 양도세액이나 가산세를 확정할 수 없습니다. 실제 양도 시점의 주택 보유 현황, 취득·양도 금액과 날짜, 필요경비, 보유·거주기간 등에 따라 달라집니다.
소득세법 시행령 제155조제1항은 일시적 2주택 특례의 종전주택 양도기한을 정하고 있습니다. 다만 법령상 정한 사유가 있으면 예외가 될 수 있으므로, 기한이 지난 경우에도 매각 의뢰·경매·공매 등 해당 사유가 있었는지와 증빙을 살펴볼 필요가 있습니다.