부가세 신고기간이 끝난 후 착오에 의한 이중발급 사유로 수정세금계산서를 발행한 경우 가산세 대상인가요?

착오로 전자세금계산서를 이중 발급한 사실을 바로잡기 위해 적법하게 수정세금계산서를 발급했다면, 수정세금계산서를 발급했다는 이유만으로 세금계산서 관련 가산세가 부과되지는 않습니다. 다만 이미 끝난 부가가치세 신고에 중복 매출이 반영됐는지에 따라 신고도 바로잡아야 할 수 있고, 그에 따른 신고·납부 가산세는 별도로 판단합니다.

부가가치세법 시행령 제70조에 따라 이중 발급을 정정할 때는 처음 발급한 세금계산서 내용대로 음(-)의 수정세금계산서 1장을 발급합니다. 당초 세금계산서를 취소하는 방식이므로, 중복 발급분을 정상적으로 정정했다면 그 수정 발급 자체를 지연발급이나 미발급으로 보아 가산세를 부과하는 것은 아닙니다.

다만 수정세금계산서 발급과 부가세 신고 정정은 별개입니다.

• 당초 신고에서 이중 발급분을 매출로 중복 신고하고 세금도 더 납부했다면, 수정 발급만으로 신고 내용이 자동으로 바로잡히는 것은 아닙니다. 초과 납부한 세액을 돌려받으려면 경정청구 등 신고 정정 절차가 필요할 수 있습니다.
• 중복 매출을 신고에서 제외했거나 수정 발급 내용이 신고에 이미 반영됐다면 추가 정정이 필요하지 않을 수 있습니다.
• 원래 내야 할 부가세를 적게 신고·납부한 결과가 생겼다면, 수정세금계산서 발급 여부와 별개로 신고·납부 관련 가산세가 발생하는지 따져야 합니다. 적용 여부와 금액은 실제 신고 내용과 납부 결과에 따라 달라집니다.

따라서 가산세 대상 여부는 수정 발급 자체와 신고·납부 결과를 나누어 판단하시면 됩니다. 당초 신고서에서 중복된 세금계산서가 매출에 포함됐는지, 수정 발급한 음(-)의 금액을 신고에 반영했는지를 대조해 보시기 바랍니다.