공익법인이 요건을 갖추고 고유목적사업을 위해 일시적으로 공급하는 재화는 부가가치세 면세 대상이 될 수 있습니다. 다만 공익법인이라는 명칭이나 지위만으로 자동 면세되는 것은 아니며, 단체의 등록·사업 목적과 공급의 성격을 함께 확인해야 합니다.
부가가치세법 시행령 제45조제1호에 따르면, 다음 요건을 갖춘 단체가 고유사업 목적을 위해 재화나 용역을 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하면 면세가 적용될 수 있습니다.
예를 들어 고유목적사업과 관련해 일회성 행사에서 재화를 판매하는 경우는 요건에 따라 면세가 가능할 수 있습니다. 반면 자체 기금 마련을 위해 물품을 계속 판매하거나 사업을 반복적으로 운영하는 경우에는 공익단체가 공급했다는 이유만으로 면세되지 않을 수 있습니다.
실무에서는 주무관청의 허가·인가 또는 등록 자료, 정관상 목적사업, 행사·판매 내역, 공급이 일시적이고 고유목적사업과 관련된 사정 등을 정리해 두시는 것이 좋습니다. 면세 거래라면 매출 부가가치세를 거래 상대방에게 징수하지 않지만, 그 면세사업에 관련된 매입세액은 공제받지 못할 수 있습니다. 혼합 거래라면 과세·면세 구분과 공통 매입세액 처리도 검토해야 합니다.