부가가치세 면세 요건을 충족하면 국산 농산물은 국내 공급 단계에서, 수입 농산물은 수입 단계에서 부가가치세가 면제될 수 있지만, 그 사실만으로 다른 세금까지 모두 면제되는 것은 아닙니다.
부가가치세법은 가공하지 않았거나 탈곡·정미·건조·냉동·포장 등 원래 성질을 바꾸지 않는 정도로 1차 가공한 식용 농산물 등을 면세 대상으로 정하고 있습니다. 수입 농산물도 법령상 미가공식료품 범위에 들어가면 수입 부가가치세가 면제될 수 있습니다. 다만 품목과 가공 상태, 수입 시점에 따라 면세 여부가 달라질 수 있습니다.
여기서 면세되는 것은 부가가치세입니다. 수입품에 관세 외의 다른 세금이나 부담금이 적용되는지는 해당 품목과 거래에 따라 별도로 판단해야 하며, 부가가치세 면세만으로 그런 부담까지 면제된다고 볼 수는 없습니다. 국산 농산물을 판매하는 경우에도 판매 자체의 부가가치세 면세가 판매자의 다른 세금까지 면제한다는 뜻은 아닙니다.
따라서 질문처럼 부가가치세 면세 조건을 충족한다면 해당 거래의 부가가치세는 면제될 수 있지만, ‘부가세와 다른 세금이 전부 붙지 않는다’고 단정할 수는 없습니다. 구체적으로는 농산물의 품목, 가공 정도, 수입 여부와 적용되는 별도 세금의 종류를 각각 확인해야 합니다.