농산물을 계속·반복적으로 재배해 판매하는 사업이라면, 부가가치세가 면제되는 농산물만 공급하더라도 면세사업자로 사업자등록을 신청하는 것이 원칙입니다. 다만 일시적·우발적으로 판매하는 경우까지 사업자등록 대상이라고 단정할 수는 없습니다.
부가가치세법은 사업자가 사업장마다 사업 개시일부터 20일 이내에 사업자등록을 신청하도록 정하고 있습니다. 농산물 재배·판매가 사업으로 이루어진다면 면세사업자로 등록하는 방식으로 신청하시면 됩니다. 사업을 시작하기 전에도 등록 신청은 가능합니다.
재배한 농산물은 식용으로 제공되는 미가공 농산물이거나 원래 성질이 변하지 않는 정도의 1차 가공을 거친 경우 부가가치세가 면제될 수 있습니다. 반면 가공 정도나 판매 형태가 달라지면 과세 여부가 달라질 수 있으므로, 단순 재배·판매를 넘어 제조·가공하거나 별도 상품으로 판매하는 경우에는 그 거래를 따로 판단해야 합니다.
면세사업자로 등록한다고 해서 소득세까지 면제되는 것은 아닙니다. 또한 등록기한을 넘기면 사업자미등록가산세가 문제될 수 있습니다. 다만 간이과세자의 납부의무 면제와 관련한 예외가 따로 있으므로, 사업 규모와 등록 여부에 따라 실제 적용은 달라질 수 있습니다.
따라서 자신이 재배한 농산물을 사업으로 계속 판매한다면 사업장별로 20일 이내 등록을 신청하고, 공급하는 농산물이 미가공 면세 대상인지 확인하시는 것이 좋습니다.