3개월의 원천세 수정신고를 한 번에 할 때, 수정신고에 따른 세액과 가산세를 정기신고에 일괄 반영해도 되나요?

3개월분의 원천세를 한꺼번에 정리하더라도 각 월의 수정신고서는 해당 월별로 각각 제출하고, 수정신고로 생긴 추가 납부세액과 가산세는 수정신고를 제출하는 달의 정기 원천세 신고서에 합산해 반영할 수 있습니다.

실무상으로는 다음처럼 처리합니다.

1. 누락이나 오류가 있었던 각 월의 원천징수이행상황신고서를 그 달의 귀속연월·지급연월 기준으로 수정신고합니다. 예를 들어 3개월분을 고치는 경우 수정신고서도 3개월분으로 나누어 작성합니다.
2. 각 수정신고에서 발생한 추가 납부세액과 가산세를 합산합니다.
3. 수정신고를 제출하는 달의 정기 원천세 신고서에 수정신고 세액란(A90)에 합산액을 반영하고, 정기 신고분과 함께 납부합니다. 수정신고 대상 월의 정기 신고서에 수정세액을 다시 섞어 적는 방식은 아닙니다.

다만, 이 처리는 수정신고서 자체를 한 장으로 합쳐 제출해도 된다는 뜻은 아닙니다. 수정신고서는 원래 신고한 각 월별로 바로잡고, 납부할 금액을 제출월 정기 신고에 모아 반영하는 방식입니다. 추가 지급분 자체를 뒤늦게 지급한 경우는 과거 신고의 단순 오류 수정과 다를 수 있으므로, 지급 시점에 맞춘 정상 신고인지도 구분해야 합니다.

수정신고로 세액이 늘면 부족한 세액을 납부해야 하며, 가산세도 별도로 확인해야 합니다. 수정신고에 따른 감면이 적용되더라도 감면 대상은 과소신고·초과환급신고 가산세이며, 경정·조사 등을 미리 알고 수정신고한 경우에는 해당 감면이 배제될 수 있습니다. 원천징수세액을 늦게 납부한 데 따른 납부지연가산세는 별도 쟁점입니다. 2026년 7월 1일 시행 개정 규정과 그 이전에 지정납부기한이 지난 경우의 경과조치가 있으므로, 각 월의 납부기한과 실제 납부일에 따라 계산 기준을 구분해야 합니다.

따라서 3개월분을 같은 달에 처리하는 것은 가능하지만, 월별 수정신고를 각각 제출한 뒤 추가세액과 가산세를 제출월 정기신고에 합산 반영하는 방식으로 진행하시면 됩니다.