입고할 때 세금계산서를 발급하고 부가가치세를 나중에 돌려준다는 사정만으로 일반 과세 거래라고 확정할 수는 없습니다. 실제 거래가 위탁판매인지, 롯데면세점의 어떤 보세판매장에서 누구에게 판매되는지에 따라 과세·영세율·면세 여부가 달라집니다.
상품을 롯데면세점에 맡겨 판매하고 판매된 뒤 대금을 정산하는 구조라면, 입고 자체가 곧바로 판매(재화의 공급)가 되는 것은 아닙니다. 원칙적으로 위탁자(상품을 맡긴 사업자)가 공급한 것으로 보며, 수탁자인 면세점이 고객에게 상품을 인도할 때 위탁자 명의로 세금계산서를 발급하는 방식이 적용될 수 있습니다. 따라서 입고 시점에 면세점이 자기 명의로 공급가액과 부가가치세를 청구·발급했다면, 계약상 매입인지 위탁판매인지와 세금계산서의 공급자·공급받는 자 표시를 먼저 대조해야 합니다. 발급·환급 약정만으로 세법상 거래 성격이 정해지지는 않습니다.
조세특례제한법 제121조의14는 정해진 유형의 보세판매장 거래에 부가가치세 면제 또는 영세율 특례를 둡니다. 예를 들어 보세판매장에서 규정상 물품을 판매하는 경우에는 부가가치세가 영세율로 적용될 수 있고, 입국하는 사람에게 보세판매장 물품을 판매하는 경우에는 부가가치세 등이 면제될 수 있습니다. 다만 ‘롯데면세점에 입고했다’는 사실만으로 이 특례가 자동 적용되는 것은 아닙니다. 판매장이 해당 규정의 보세판매장에 해당하는지, 판매 대상·판매 방식이 특례 요건에 맞는지가 중요합니다.
따라서 현재 설명만으로는 이 거래를 일반 과세라고 단정하기 어렵습니다. 입고 시 세금계산서가 실제 매입·판매를 전제로 한 것인지, 판매 후 정산하는 위탁판매인지, 판매가 어느 유형의 보세판매장에서 어떤 고객에게 이뤄지는지를 계약서·정산 약정과 함께 확인하셔야 합니다. 분기별로 부가가치세를 돌려주는 약정은 당사자 간 정산 방식일 수 있으며, 그 자체가 영세율이나 면세 적용의 근거는 아닙니다.