법인 세무조사 때 대표자가 미리 정해진 서류를 전부 제출하는 것은 아니며, 조사 대상 세목·사업연도의 과세표준과 세액을 확인하는 데 필요한 자료를 조사 범위에 맞춰 제출하시면 됩니다.
국세기본법 제81조의4제3항은 세무공무원이 필요한 최소한의 범위에서 자료를 요구하도록 하고, 조사 대상 세목·과세기간의 세금 계산과 관련 없는 장부 등의 제출은 제한합니다. 법인세법 제122조에 따라 세무공무원은 직무에 필요한 경우 법인이나 관련 거래자에게 질문하고 장부·서류 등의 제출을 요구할 수 있습니다. 따라서 모든 법인에 똑같이 적용되는 ‘대표자 제출 서류 목록’이 있는 것은 아닙니다.
조사 통지서나 자료제출 요구서에 적힌 대상 세목과 기간, 요구자료 항목을 기준으로 준비하시고, 통상 다음과 같은 자료가 해당될 수 있습니다.
위 항목은 조사 쟁점에 따라 요구될 수 있는 예시이며, 조사와 무관한 기간·세목의 자료까지 일괄적으로 제출해야 한다는 뜻은 아닙니다. 반대로 적법하게 요구된 조사 관련 자료에는 성실히 협력해야 하므로, 임의로 자료를 누락하거나 장부·증빙을 폐기하지 마세요.
대표자는 요구자료 목록과 조사 범위를 대조해 제출 자료를 정리하고, 제출한 자료의 사본과 제출 내역을 보관하는 것이 좋습니다. 요구 범위가 불분명하거나 조사와 무관해 보이는 자료가 포함되어 있다면, 해당 자료가 조사 대상 세목·기간의 세금 계산과 어떻게 관련되는지 서면으로 확인한 뒤 대응하세요. 세무조사에는 세무사·공인회계사·변호사를 참석시키거나 의견을 진술하게 할 수도 있습니다(국세기본법 제81조의5).