수정세금계산서로 공제받을 매입세액이 줄어들어 납부세액이 늘었다면, 확정신고한 부가가치세를 수정신고하고 추가 세액을 납부해야 합니다. 다만 수정세금계산서를 받은 것만으로 가산세가 자동 발생하는 것은 아니며, 신고·납부가 늦어진 데 따른 가산세는 별도로 판단합니다.
기재사항 착오정정은 「부가가치세법 시행령」 제70조에 따라 적법한 사유와 절차로 발급되어야 합니다. 먼저 수정 전·후 세금계산서와 당초 신고 내역을 대조해 실제로 매입세액이 얼마나 줄었는지 확인한 뒤, 줄어든 금액을 반영해 수정신고하고 추가 납부세액을 납부하시면 됩니다.
가산세 여부와 금액은 당초 신고·납부한 세액, 수정신고 및 납부 시점, 수정 사유와 경정 사실을 미리 알았는지 등에 따라 달라집니다. 현재 정보만으로는 가산세를 확정할 수 없습니다. 특히 세무조사 통지, 현지 확인 착수 또는 과세자료 해명 안내 등을 받아 과세표준이나 세액이 경정될 것을 미리 안 경우에는 해당 착오정정 사유로 수정세금계산서를 발급할 수 없는 제한이 있습니다.