대표이사의 급여가 낮을 경우 추가 서류 제출 요구는 어떤 경우에 발생하나요?

대표이사 급여가 낮다는 이유만으로 추가 서류 제출 요구가 자동으로 발생하는 것은 아닙니다. 다만 법인세 신고내용을 분석하는 데 필요하다고 판단되면, 관할 세무서장이나 지방국세청장이 신고서에 첨부하지 않은 서류를 서면으로 요구할 수 있고, 요구받은 법인은 제출해야 합니다.

법인세법 시행령 제97조제6항은 신고 때 첨부하지 않은 서류라도 신고내용 분석 등에 필요하여 서면 제출을 요구하면 제출하도록 정하고 있습니다. 따라서 급여가 낮다는 사실 자체가 법정 제출요건이라기보다, 신고내용 확인 과정에서 추가 자료가 필요하다고 판단되는지가 기준입니다. 자료만으로는 대표이사 급여가 낮은 경우를 별도의 자동 제출 사유로 정한 규정은 확인되지 않습니다.

요구를 받으면 먼저 서면에 적힌 요구자료의 종류와 제출 범위를 확인하고, 요청된 서류를 제출하시면 됩니다. 대표이사 보수와 관련한 자료를 요구받았다면 실제 지급 내역, 급여 산정 근거, 보수 지급기준이나 이를 정한 의사결정 자료 등이 해당 쟁점을 설명하는 자료가 될 수 있습니다. 다만 어떤 자료가 필요한지는 개별 요구 내용에 따라 달라집니다.

또한 급여가 낮다는 사실만으로 그 급여가 손금(법인의 비용)으로 인정되지 않는다거나 세무상 문제가 있다고 단정할 수는 없습니다. 임원 보수·상여금의 손금 인정 여부는 지급 성격과 지급기준 등 구체적인 사실관계에 따라 검토해야 합니다. 법인세 과세표준 신고 때 제출해야 하는 재무제표·세무조정계산서 등 기본 첨부서류와, 신고 후 별도로 서면 요구하는 추가 서류는 구분해서 보시면 됩니다.