세무조사에서는 신고한 내용과 실제 거래·자금 흐름이 맞지 않거나, 사업과 무관한 비용을 사업비로 처리한 거래가 주로 문제 됩니다.
이런 유형이 있다고 해서 모두 세무조사를 받는 것은 아닙니다. 국세기본법 제81조의6은 정기적인 신고 적정성 검증 외에도 납세협력의무 불이행, 구체적인 탈세 제보, 명백한 탈루·오류 자료, 허위 거래 혐의 등이 있으면 조사할 수 있도록 규정합니다. 조사를 받게 되면 거래별 계약서·세금계산서·대금 이체내역, 업무 목적 자료, 출퇴근·업무 기록, 자산 사용 내역처럼 거래의 실질과 사업 관련성을 보여주는 증빙을 서로 맞춰 보관하는 것이 중요합니다.
국세 세무조사는 원칙적으로 조사 시작 20일 전에 세목·기간·사유 등을 통지합니다. 다만 미리 알리면 증거를 없앨 우려가 있다고 인정되는 경우에는 사전통지가 생략될 수 있습니다(국세기본법 제81조의7).