조업허가증만 있는 사람이 다슬기를 판매하는 식당에 다슬기를 납품할 때, 생산자증명원을 발행하여 식당이 의제매입세액공제를 받을 수 있나요?

조업허가증만 있는 사람이 식당에 다슬기를 팔았다는 사실만으로 생산자증명원을 발행해 식당이 의제매입세액공제를 받기는 어렵습니다. 생산자증명원은 의제매입세액 공제에 필요한 법정 증빙을 대신하지 않습니다.

식당이 공제받으려면 일반적으로 사업자등록을 한 부가가치세 과세사업자여야 하고, 면세 농·축·수·임산물을 원재료로 사용해 부가가치세가 과세되는 음식용역을 제공해야 합니다. 다슬기가 면세로 공급된 수산물이고 실제 음식 조리에 사용되었다면 재료 요건은 검토할 수 있지만, 매입 사실을 증명하는 절차도 갖춰야 합니다.

「부가가치세법」 제42조와 시행령 제84조에 따라 공제신고서와 함께 매입처별 계산서합계표, 신용카드매출전표 등 수령명세서 또는 매입자발행계산서합계표 중 해당하는 증빙을 제출해야 합니다. 예외적으로 제조업자가 농어민에게 면세농산물등을 직접 사는 경우에는 공제신고서만 제출할 수 있지만, 식당은 이 제조업자 예외에 해당하지 않습니다. 따라서 생산자증명원만 제출하고 공제를 신청하는 방식은 인정받기 어렵습니다.

조업허가증은 조업 허가 여부를 보여주는 자료일 뿐, 그 자체로 계산서 등 세법상 증빙이 되거나 판매자의 사업자등록 여부를 증명하지는 않습니다. 판매자가 사업자등록을 하지 않았거나 계산서 등을 발급하지 못한 상황이라면, 생산자증명원만으로 처리하기보다 해당 거래에 사용할 수 있는 법정 증빙이 있는지 먼저 확인해야 합니다. 매입자발행계산서 제도가 적용될 수 있는 거래라면 그 절차와 요건을 별도로 검토할 수 있지만, 생산자증명원만으로 이를 대신할 수는 없습니다.

법정 증빙 없이 공제를 신청하면 해당 매입분의 의제매입세액이 인정되지 않을 수 있습니다. 서울행정법원 2012구합18714 판결도 정해진 증빙서류가 아닌 다른 자료만 제출한 경우 공제요건을 갖춘 것으로 볼 수 없다는 취지입니다.