실제로 부가가치세 면세 거래라면 반품분을 ‘기재사항 착오정정’으로 처리하는 것이 아니라, 잘못 발급한 세금계산서를 ‘면세 등 발급대상이 아닌 거래’ 사유로 취소해야 합니다.
부가가치세법 시행령 제70조제1항제8호는 면세 등 세금계산서 발급대상이 아닌 거래에 세금계산서를 발급한 경우, 처음 발급한 세금계산서 내용대로 음(-)의 수정세금계산서를 발급하도록 정하고 있습니다. 올바른 세금계산서를 다시 발급하는 방식이 아닙니다.
따라서 이미 반품 건을 ‘기재사항 착오정정’으로 발급하셨다면, 현재 발급 내역을 확인해 잘못된 수정분까지 서로 상쇄되도록 바로잡아야 합니다. 전자세금계산서는 삭제할 수 없으므로 수정세금계산서로 정리해야 하며, 이미 부가가치세 신고에 반영했다면 신고 내용도 함께 점검하셔야 합니다.
다만 상품에 흔히 ‘면세상품’이라고 표시되어 있다는 것만으로 면세 거래라고 단정할 수는 없습니다. 해당 상품의 실제 거래가 부가가치세 면세 대상인지가 기준입니다. 실제로 과세 거래였다면 위 처리가 아니라, 반품된 날을 작성일로 하여 반품 금액만큼 음(-)의 수정세금계산서를 발급하는 ‘환입’ 처리가 맞습니다.