관세법인과 같은 곳에서는 원래 전자계산서를 발행하는 것이 맞나요?

관세법인이라고 해서 모든 거래에 전자계산서를 발급하는 것은 아닙니다. 관세법인 수수료가 부가가치세 과세 대상이면 보통 발급 서류는 전자계산서가 아니라 전자세금계산서이고, 면세 거래라면 계산서를 발급할 수 있습니다.

관세법인에 지급한 금액은 항목별로 구분해 보셔야 합니다.

• 관세법인의 통관대행·자문 수수료: 과세 용역이라면 세금계산서 대상인지 확인합니다.
• 관세·수입 부가가치세 등 관세법인이 대신 납부한 금액: 관세법인의 수수료와는 별도 성격이므로, 자금청구서에 함께 적혀 있다고 해서 그 금액까지 관세법인이 발급한 계산서가 되는 것은 아닙니다.
• 면세 용역: 계산서 발급 대상일 수 있습니다. 법인이 용역을 공급하면 계산서나 영수증을 발급하는 것이 원칙이지만, 부가가치세법에 따라 세금계산서나 영수증을 발급한 거래는 계산서를 발급한 것으로 봅니다(법인세법 제121조).

따라서 앞서 말씀하신 「자금청구서(수입)」만으로는 전자계산서를 발급했는지, 또는 적정한 증빙인지 판단하기 어렵습니다. 관세법인 수수료 부분에 ‘전자세금계산서’가 따로 발급됐는지 확인하시고, 수입 부가가치세는 세관장이 발급한 수입세금계산서가 있는지 별도로 확인하시는 것이 좋습니다. ‘전자’ 발급 여부와 거래 자체가 계산서 발급 대상인지는 별개의 문제입니다.